Sau điều chuyển, Bến xe Mỹ Đình sẽ giảm lượng xe từ 1.100 lượt xe/ngày xuống còn 700 lượt xe/ngày. Trong đó có 91 xe đi Hòa Bình, 78 xe đi Hà Nam, Ninh Bình, Nam Định, Thái Bình, Thanh Hóa, Nghệ An được điều chuyển về Bến xe Yên Nghĩa; 61 xe đi Thái Nguyên chuyển sang hoạt động tại Bến xe tạm Nam Thăng Long, các xe này lưu thông theo đường Bắc Thăng Long - QL3 và ngược lại. Cùng đó, 70 xe đi Cao Bằng, Bắc Kạn, Quảng Ninh, Phú Thọ hoạt động không hiệu quả bị cắt giảm hoạt động tại Bến xe Mỹ Đình, 52 xe của các đơn vị vận tải có thỏa thuận hoạt động tại Bến xe Mỹ Đình sang bến Yên Nghĩa. Số xe được chấp thuận sau thời điểm ngày 14/10/2009.
Ngoài ra, Sở GTVT cũng lên kế hoạch di chuyển đợt 2 từ 1/1/2014, sau khi Bến xe tạm Pháp Vân đi vào hoạt động. Khi đó, sẽ điều chuyển khoảng 300 xe các tuyến còn lại đi phía Nam như Nam Định, Thái Bình, Ninh Bình, Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh từ Bến xe Mỹ Đình về Bến xe tạm Pháp Vân theo đúng hướng tuyến. Cùng với việc điều chuyển xe khách ra khỏi Bến xe Mỹ Đình, Sở GTVT sẽ tăng cường kiểm tra, kiểm soát xe dù, xe khách cố tình chạy sai lộ trình, vòng vo đón khách quanh khu vực Bến xe Mỹ Đình.
