Tình trạng sạt lở bờ sông chủ yếu diễn ta dọc theo sông Tiền, sông Hậu, sông Vàm Cỏ Đông, sông Vàm Cỏ Tây và các nhánh chính của hệ thống kênh rạch.
Trong thời gian, sạt lở diễn biến phức tạp và có mức độ gia tăng cả về phạm vi và mức độ nghiêm trọng. Hiện nay có 513 điểm sạt lở ven các tuyến sông với tổng chiều dài 520km. Trong đó, nghiêm trọng nhất là tại vị trí bờ sông Tiền (huyện Thanh Bình, Đồng Tháp), bờ sông Vàm Nao (huyện Chợ Mới, An Giang), bờ sông Bò Ót (quận Thốt Nốt, Cần Thơ), bờ sông Cổ Chiên (huyện Càng Long, Trà Vinh), kênh Xáng Mái Dầm (huyện Châu Thành, An Giang). Trong khi đó, diễn biến sạt lở bờ biển cũng diễn biến hết sức phức tạp. Nghiêm trọng hơn là tốc độ xói đã vượt tốc độ bồi làm diện tích khu vực Đồng bằng sông Cửu Long giảm khoảng 300ha/năm. Sạt lở chủ yếu xảy ra tại khu vực ven biển các tỉnh Cà Mau và Kiên Giang. Hiện nay có tổng số 49 điểm sạt lở với tổng chiều dài 266km. Trong số các điểm trên, có 40 điểm sạt lở với tốc độ từ 10 - 45m/năm, điền hình như: Gò Công Đông (Tiền Giang), Ba Tri, Bình Đại (Bến Tre), Nhà Mát, Gành Hào (Bạc Liêu), An Minh, An Biên (An Giang), Trần Văn Thời (Cà Mau)…Nguyên nhân của tình trạng sạt lở được Bộ NN&PTNT đưa ra là việc xây dựng các hồ chứa, khai thác cát, phát triển dân số và cơ sở hạ tầng, cùng tác động của một số hiện tượng biến đổi khí hậu (nước biển dâng, lũ lụt), địa chất - dòng chảy thay đổi.
