Theo Thanh tra Chính phủ, Hội đồng quản trị Tổng Công ty Sông Đà và Công ty Cổ phần Đầu tư Phát triển đô thị và Khu công nghiệp Sông Đà đã ký hợp đồng chuyển nhượng dự án nêu trên khi không có hạ tầng, không có văn bản báo cáo các cơ quan liên quan và phê duyệt của Thủ tướng Chính phủ. Giá trị chuyển nhượng là 155 tỷ đồng. Theo đó, việc chuyển nhượng dự án vi phạm quy định của Bộ Xây dựng và ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ. Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Xây dựng có văn bản yêu cầu Công ty Cổ phần Đầu tư Phát triển đô thị và Khu công nghiệp Sông Đà tạm dừng việc thực hiện dự án đầu tư khu đô thị mới Nam An Khánh chờ ý kiến xử lý của Thủ tướng.