Nội dung thỏa thuận về lãi suất cho vay bao gồm mức lãi suất cho vay và phương pháp tính lãi đối với khoản vay. Trường hợp khách hàng không trả đúng hạn tiền lãi theo quy định thì phải trả lãi chậm trả theo mức lãi suất do tổ chức tín dụng và khách hàng thỏa thuận nhưng không vượt quá 10%/năm tính trên số dư lãi chậm trả tương ứng với thời gian chậm trả; trường hợp khoản nợ vay bị chuyển nợ quá hạn, thì khách hàng phải trả lãi trên dư nợ gốc bị quá hạn tương ứng với thời gian chậm trả, lãi suất áp dụng không vượt quá 150% lãi suất cho vay trong hạn tại thời điểm chuyển nợ quá hạn.
Thông tư 39 cũng xác định 6 nhóm nhu cầu vốn các TCTD không được cho vay, gồm nhu cầu vốn để thực hiện các hoạt động đầu tư kinh doanh thuộc ngành, nghề mà pháp luật cấm đầu tư kinh doanh. Đáng chú ý, các nhu cầu vốn dùng để mua vàng miếng cũng thuộc diện các TCTD không được cho vay.