Theo kết quả bốc thăm và xếp lịch thi đấu, ở lượt trận đầu tiên tại vòng loại, Hoàng Thư Đà Nẵng sẽ đối đầu Sài Gòn FC trong khi Cao Bằng gặp Tân Hiệp Hưng. Hai đội giành chiến thắn sẽ giành vé trực tiếp vào VCK. Hai đội thua sẽ gặp nhau để tranh suất vé còn lại.
VCK sẽ là cuộc cạnh tranh của 8 đội, trong đó gồm 3 đội vượt qua vòng loại như đã nói ở trên và 5 đội có thành tích tốt ở mùa giải trước là Hải Phương Nam Phú Nhuận, Thái Sơn Nam, Thái Sơn Bắc, Sanna Khánh Hòa và Sanatech Khánh Hòa. 8 đội sẽ được bốc thăm thành 4 cặp thi đấu theo thể thức loại trực tiếp một trận tương tự như tại vòng loại. Các đội thắng sẽ thi đấu bán kết, chung kết để xếp hạng từ 1 đến 4. Các đội thua sẽ thi đấu để xếp hạng từ 5 đến 8.
Năm 2015 trong lần đầu tiên được tổ chức, Giải Futsal Cúp quốc gia đã đưa khán giả đi từ bất ngờ này đến bất ngờ khác với sự quật khởi của những đội bóng được đánh giá thấp hơn, trong đó có ĐKVĐ Hải Phương Nam Phú Nhuận và BV An Phước Bình Thuận. Năm nay, BV An Phước Bình Thuận không góp mặt nhưng Hải Phương Nam Phú Nhuận vẫn còn nguyên khát vọng bảo vệ ngôi số 1. Trong khi đó, các tân binh như Sài Gòn FC, Cao Bằng cũng sẵn sàng tạo nên những cơn địa chấn mới.
Theo kế hoạch, vòng loại sẽ diễn ra từ ngày 23/12 đến 24/12/2016 tại Nhà thi đấu Thái Sơn Nam - TP.HCM. Vòng chung kết được tổ chức tại Nhà thi đấu Rạch Miễu - TP.HCM từ ngày 27/12 đến 30/12/2016.