Hệ thống xử lý nước thải có diện tích gần 4.000m2 bao gồm mạng thu gom nước thải, trạm bơm, bể điều hòa, bể hiếu khí, bể kị khí, bể lắng, bể phân hủy bùn, ao sinh học, nhà điều hành… Công suất xử lý 600m3/ngày, đêm. Hiện CCN Hapro đã thu hút 24 DN đăng ký đầu tư và đã có 14/24 DN này đi vào hoạt động nên nhu cầu xử lý nước thải công nghiệp rất cao. Việc xây dựng hệ thống xử lý nước thải công nghiệp sẽ được chia thành 2 giai đoạn, mỗi giai đoạn có công suất 300m3/ngày, đêm phù hợp với nhu cầu xử lý thực tế hiện nay.