Việc đánh số ghế, ấn định vị trí ngồi cho đại biểu tại Hội nghị ghi thư giới thiệu nhân sự Hiệu trưởng là sai quy định, dẫn đến việc đại biểu bị kiểm soát khi tiến hành ghi thư giới thiệu, vi phạm nguyên tắc tổ chức bỏ phiếu kín quy định tại Quyết định số 5099/QĐ-BGDĐT ngày 19/11/2012 của Bộ GD&ĐT. Đối chiếu sự việc trên với Quyết định số 5099/QĐ-BGDĐT, Bộ GD&ĐT kết luận: Việc sắp xếp chỗ ngồi và thực hiện ghi thư không vi phạm nguyên tắc bỏ phiếu kín, tố cáo Tổ công tác sắp xếp chỗ ngồi nhằm kiểm soát việc ghi thư và làm ảnh hưởng đến kết quả ghi thư là không có cơ sở.
Về việc phát Danh sách quy hoạch Ban Giám hiệu năm 2009 của trường có số liệu chi tiết về số phiếu, tỷ lệ phiếu bầu của các ứng viên cho toàn thể đại biểu tham dự buổi lấy thư giới thiệu Hiệu trưởng là định hướng cho đại biểu và vi phạm nguyên tắc minh bạch, khách quan được quy định tại khoản 1, Điều 38 Luật cán bộ công chức ngày 13/11/2008 và Nghị định số 06/2010/NĐ-CP của Chính phủ quy định những người là công chức. Đối với tố cáo này, Thanh tra Bộ kết luận: Việc phát tài liệu chi tiết nội dung quy hoạch năm 2009 vi phạm nguyên tắc khách quan là có cơ sở; việc tố cáo hành vi này vi phạm Điều 38, Luật công chức và Nghị định số 06/2010/NĐ-CP quy định những người là công chức là sai.
Với việc tố cáo ông Trần Thọ Đạt, ứng viên trong danh sách của Trường đề nghị cấp có thẩm quyền bổ nhiệm chức danh Hiệu trưởng ĐH Kinh tế Quốc dân nhiệm kỳ 2013-2018, có hành vi vi phạm quy định của Đảng, mua chuộc đồng nghiệp bằng việc tặng quà cho hơn 400 cán bộ giảng viên trong trường kèm lời đề nghị ủng hộ vào vị trí Hiệu trưởng. Ông Đạt đã hỗ trợ ông Hoàng Đức Thân và ông Đàm Quang Vinh mở tiệc chiêu đãi tại Quán gió ngày 18/4/2013 để vận động; nhắn tin ép buộc nhân viên dưới quyền bỏ phiếu bầu chức vụ Hiệu trưởng. Các hành vi trên của ông Đạt vi phạm Điều 10, Điều 14, Quy định số 47/QĐ/TW ngày 01/11/2012 của BCH Trung ương về những điều Đảng viên không được làm.
Thanh tra Bộ GD&ĐT kết luận: Việc tổ chức tiệc với số lượng 28 người tham dự trong đó có ông Trần Thọ Đạt là có thật. Nhưng, không có chứng cứ chứng minh ông Đạt hỗ trợ bằng tiền hay chủ trì bữa tiệc. Không có cơ sở để kết luận ông Đạt dùng vật chất để mua chuộc, gây áp lực hay lợi dụng chức quyền nhằm hăm dọa cá nhân, tổ chức có trách nhiệm giải quyết để bản thân được đề cử, bổ nhiệm vào vị trí Hiệu trưởng trái quy định.
Đối chiếu quy định tại Luật Cán bộ công chức; Quyết định 47/QĐ-TW của Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Quy định về kiểm điểm đảng viên theo tinh thần Nghị Quyết T.Ư 4 của Đảng, không đủ căn cứ kết luận ông Đạt vi phạm những điều cấm của Đảng viên, những việc công chức không được làm. Tuy vậy, với vị trí của mình, trong bối cảnh nhà trường đang có sự phân tâm vào thời điểm đó việc tặng quà với số lượng lớn thể hiện sự thiếu nhạy cảm của ông Đạt và đã gây nên dư luận không tốt trong trường.
Việc ông Trần Thọ Đạt say rượu, “quậy” ở sân Đền Trần trong đêm 14 rạng sáng ngày 15 tháng Giêng năm Quý Tỵ khiến nhiều người khó chịu, trong đó khó chịu ra mặt là ông Phạm Quang Nghị, Bí thư Thành ủy Hà Nội. Thanh tra Bộ GD&ĐT kết luận: Những người liên quan đều khẳng định không có việc ông Đạt say rượu và “quậy” ở Đền Trần; người tố cáo không đưa ra bằng chứng và Tổ xác minh không tìm thấy bằng chứng về việc trên. Vì vậy phản ánh này là không có cơ sở.
Nội dung tố cáo ông Trần Thọ Đạt có quan hệ bất chính với TS Nguyễn Thị Chính, Phó trưởng Khoa Bảo hiểm Trường ĐHKTQD, Thanh tra Bộ cho là bịa đặt. Vì người phản ánh không đưa ra được chứng cứ và Tổ xác minh không phát hiện được chứng cứ. Nội dung tố cáo ông Đạt có quan hệ bất chính với bà Nguyễn Thị Chính là không có cơ sở.
Sau khi đưa ra các kết luận, Thanh tra Bộ GD&ĐT đề nghị Đảng uỷ, Ban Giám hiệu Trường ĐH Kinh tế quốc dân tổ chức rút kinh nghiệm việc triển khai, thực hiện nhiệm vụ phối hợp với Tổ công tác của Bộ tổ chức Hội nghị ghi thư giới thiệu nhân sự Hiệu trưởng Trường nhiệm kỳ 2013-2018.
Tổ trưởng Tổ công tác phải tổ chức rút kinh nghiệm vì đã phô tô và phát 450 bản tài liệu quy hoạch khi chưa xin ý kiến của Tổ trưởng Tổ công tác của Bộ. Đồng thời, kiểm điểm trách nhiệm các nhân viên Phòng Tổ chức cán bộ tham gia Tổ công tác, trong việc thực hiện chức trách và nhiệm vụ được giao. Đối với ông Trần Thọ Đạt cần rút kinh nghiệm về việc ứng xử trong các thời điểm nhạy cảm của trường không để ảnh hưởng đến công việc chung.
