Theo Bộ NN&PTNT, Khu bảo tồn biển Hòn Cau là khu vực phân bố của các hệ sinh thái biển nhiệt đới điển hình (rạn san hô và thảm cỏ biển), có giá trị đa dạng sinh học cao. Đây là nơi sinh sống, bãi đẻ của nhiều loài thủy sinh vật quý hiếm có giá trị kinh tế và sinh thái quan trọng (các loài cá, sao biển, hải sâm, vích, đồi mồi, rùa xanh, tôm hùm…). Nguồn lợi thủy sản xung quanh khu vực này đã góp phần duy trì, ổn định và nâng cao đời sống của cộng đồng dân cư địa phương. Sự đa dạng và phong phú tài nguyên sinh vật biển cùng với cảnh quan độc đáo của Hòn Cau là cơ sở quan trọng tạo điều kiện thúc đẩy sự phát triển của các ngành kinh tế thủy sản, du lịch và giải trí.
Mặt khác, do nằm trong vùng chịu ảnh hưởng của hiện tượng nước trồi nên khu vực này được xem là nơi có ý nghĩa lớn trong duy trì và bổ sung đa dạng sinh học nội tại và phát tán ra những vùng lân cận nhờ vào khả năng thích ứng của rạn san hô.Bộ NN&PTNT cho biết thêm, tại Quyết định số 2606/QĐ-UBND ngày 15/11/2010, UBND tỉnh Bình Thuận đã phê duyệt hành lập Khu bảo tồn Hòn Cau với tổng diện tích là 12.500ha. Diện tích của Khu bảo tồn biển Hòn Cau đã được tính toán để đảm bảo được các mục tiêu bảo vệ, bảo tồn các hệ sinh thái rạn san hô, cỏ biển, các loài động thực vật biển và các loài quý hiếm. Do đó, việc đề xuất điều chỉnh giảm diện tích đến 1.060ha sẽ ảnh hưởng rất lớn đến các mục tiêu, chức năng và thậm chí phá vỡ quy hoạch Hòn Cau.Dẫn chứng thêm, Bộ NN&PTNT cho biết, Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định số 742/QĐ-TTg ngày 26/5/2010 phê duyệt quy hoạch hệ thống khu bảo tồn biển Việt Nam đến năm 2020. Theo đó, mục tiêu đến hết năm 2015, ít nhất có 0,24% diện tích vùng biển Việt Nam nằm trong khu bảo tồn và 30% trong số đó được bảo vệ nghiêm ngặt. Tuy nhiên, đến nay Bộ NN&PTNT và các địa phương chỉ mới thực hiện được khoảng 0,16% mục tiêu đó. Do đó, việc điều chỉnh giảm diện tích Khu bảo tồn biển Hòn Cau sẽ làm ảnh hưởng đến mục tiêu chung đã được Thủ tướng Chính phủ quy định.Bên cạnh đó, việc thu hẹp diện tích khu bảo tồn biển ảnh hưởng rất lớn đến quần thể san hô nguyên thủy dài hơn 2km với gần 234 loại san hô, cỏ biển và các động thực vật khác quý hiếm tại vùng biển này. Đáng chú ý là các rạn ngầm là bãi đẻ của tôm hùm bông, tôm hùm đỏ và tôm hùm xanh phân bố tại khu vực Hòn Cau.Với những lý do trên, Bộ NN&PTNT không đồng ý với chủ trương điều chỉnh giảm diện tích Khu bảo tồn biển Hòn Cau. Đồng thời, đề nghị UBND tỉnh Bình Thuận báo cáo Bộ TN&MT xem xét lại đánh giá tác động môi trường của dự án này tới Khu bảo tồn biển Hòn Cau. Trước đó, tháng 9/2016, UBND tỉnh Bình Thuận có văn bản gửi Bộ NN&PTNT xin điều chỉnh giảm 1.060ha diện tích Khu bảo tồn biển Hòn Cau nhằm nhường lại diện tích cho các nhà máy nhiệt điện ở xã Vĩnh Tân, huyện Tuy Phong.
