Theo số liệu báo cáo tài chính của Bảo hiểm Xã hội, số dư các quỹ đến hết 2015 là 471.813 tỷ đồng, trong đó gồm quỹ bảo hiểm xã hội bắt buộc là 370.360 tỷ đồng, Quỹ bảo hiểm xã hội tự nguyện (2.989 tỷ đồng), Quỹ bảo hiểm thất nghiệp (49.180 tỷ đồng), Quỹ bảo hiểm y tế (49.282 tỷ đồng).Tuy nhiên, kết quả kiểm toán của KTNN cho biết, Quỹ hưu trí - tử tuất dự báo đến năm 2031 chênh lệch thu chi bắt đầu âm 35.962 tỷ đồng, kết dư cuối năm 2031 là 3.848.676 tỷ đồng, đến năm 2047 bắt đầu mất cân đối với số dư quỹ âm 625.540 tỷ đồng.
Quỹ ốm đau - thai sản dự báo đến năm 2025 chênh lệch thu - chi quỹ bắt đầu âm 1.421 tỷ đồng, kết dư cuối năm 2025 là 86.417 tỷ đồng, đến năm 2035 quỹ bắt đầu mất cân đối, số âm quỹ là 24.011 tỷ đồng. Quỹ Tai nạn lao động - bệnh nghề nghiệp dự báo chưa mất cân đối vì có kết dư ngày càng tăng, dự báo dư quỹ hết năm 2025 là 61.232 tỷ đồng.Về quỹ Bảo hiểm xã hội tự nguyện, Kiểm toán Nhà nước cho biết nếu không có biến động lớn về vĩ mô, các chu kỳ kinh tế quốc tế và trong nước ảnh hưởng đến thị trường lao động và việc làm thì dự án cân đối quỹ Bảo hiểm tự nguyện sẽ đảm bảo. Đến năm 2020, chênh lệch hut chi quỹ Bảo hiểm tự nguyện là 668 tỷ đồng.Quỹ Bảo hiểm y tế, năm 2015 số dư quỹ tăng 11.938 tỷ đồng song khả năng cân đối quỹ phụ thuộc rất nhiều vào chính sách y tế, xã hội của Nhà nước, mức thu đóng của người tham gia, chính sách giá viện phí, tác động của giá thuốc, vật tư y tế… do đó rất khó khăn trong việc dự báo tình hình cân đối quỹ trong dài hạn.Theo báo cáo, nửa đầu năm 2016, số chi đã vượt quỹ khám chữa bệnh 3.404 tỷ đồng. Với tốc độ chi như vậy, từ năm 2017, Quỹ Bảo hiểm Y tế bắt đầu bội chi hàng năm và phải dùng quỹ dự phòng để bù đắp. Năm 2017, Quỹ dự phòng phải bù 14.464 tỷ đồng, năm 2018 phải bù 16.736 tỷ đồng, năm 2019 phải bù 18.354 tỷ đồng. Cuối năm 2019, quỹ dự phòng sẽ hết và âm 144 tỷ đồngNgoài ra, KTNN cho biết, qua kiểm tra, công tác lập dự toán của Bảo hiểm Xã hội còn nhiều tồn tại, sai sót. Một số đơn vị khi lập dự toán chi quản lý bộ máy, phần chi về sửa chữa tài sản cố định dùng nguồn chi không thường xuyên nhưng lại ghi là nguồn chi thường xuyên như Lâm Đồng, Lào Cai…Bên cạnh đó, có sự khác nhau giữa báo cáo do Bảo hiểm Xã hội công bố và kết quả sau kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước. Cụ thể, KTNN yêu cầu Bảo hiểm Xã hội điều chỉnh các thông số: Khoản phải nộp cho Ngân sách nhà nước tăng 54 tỷ đồng do cấp trùng thẻ bảo hiểm y tế, do nộp thiếu thuế thu nhập cá nhân; giảm các khoản phải trả là 35 tỷ đồng; giảm chi bảo hiểm tự nguyện là 1,9 tỷ đồng; giảm chi quản lý bộ máy là 35,6 tỷ đồng, tăng quỹ bảo hiểm xã hội bắt buộc là 120,7 tỷ đồng; giảm kinh phí quản lý bộ máy lên tới 162 tỷ đồng…Kiểm toán Nhà nước nhấn mạnh, tình trạng cấp trùng thẻ bảo hiểm y tế cho các đối tượng chính sách xảy ra phổ biến ở hầu hết các tỉnh, thành phố. Tình trạng này được phát hiện từ nhiều năm trước nhưng vẫn chưa khắc phục. Tổng số thẻ được cấp trung nhau lên tới 116.096 thẻ.
