Theo đó, kỳ thi THPT Quốc gia năm 2016 dự kiến sẽ diễn ra trong 3 ngày. Các môn Toán, Văn, Ngoại ngữ và Vật lý, mỗi môn thi một buổi. Mỗi cặp môn gồm Sinh học - Lịch sử và Hóa học – Địa lý thi trong một buổi và bắt đầu cùng giờ. Thí sinh được chọn 1 trong mỗi cặp môn Sinh học hoặc Lịch sử, Hóa học hoặc Địa lý. Bộ GD&ĐT cũng lấy ý kiến về cách thức tổ chức các cụm thi. Về trách nhiệm tổ chức kỳ thi, Bộ GD&ĐT muốn làm rõ để lấy ý kiến là trách nhiệm thuộc Bộ hay thuộc Sở GD&ĐT cũng như trách nhiệm chủ trì cụm thi nên quy định cho các trường đại học hay các sở.