Lợi nhuận chủ yếu của Tập đoàn được hình thành từ hoạt động kinh doanh các sản phẩm, hàng hóa, dịch vụ khác ngoài xăng dầu, riêng kinh doanh xăng dầu phát sinh lỗ 125 tỷ đồng. Lý do cơ bản được đưa ra là do không được vận hành một cách đầy đủ theo Nghị định 84, các đầu mối kinh doanh xăng dầu, trong đó có Petrolimex phải thực hiện nhiệm vụ bình ổn giá theo chỉ đạo Liên Bộ Tài chính - Công Thương.