Theo đó, KTNN đã phát hiện sai phạm liên quan đến công tác khảo sát, lập dự án, quản lý chất lượng công trình… Đặc biệt, công tác thiết kế cơ sở chưa đề xuất được phương án hướng tuyến tối ưu đã khiến dự án phải thay đổi hướng 2 lần. Đây là một trong những nguyên nhân dẫn đến phải điều chỉnh dự án và tổng mức đầu tư hai lần với giá trị tăng từ 3.734 tỷ đồng lên 8.974 tỷ đồng. Theo KTNN, đây là trách nhiệm của Tổng Công ty Đầu tư Phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC), Ban Quản lý dự án Cầu Giẽ - Ninh Bình và nhà thầu tư vấn giám sát QCI (Cuba). KTNN kiến nghị, VEC giảm trừ chi phí đầu tư thực hiện tới tháng 6/2013 là hơn 346 tỷ đồng do áp dụng định mức không đúng quy định làm tăng chi phí, đồng thời khẩn trương thu hồi số tiền tạm ứng chưa thu hồi hết với một số gói thầu giá trị hơn 30 tỷ đồng.