Liên quan đến vấn đề tự chủ, Vụ trưởng Vụ Kế hoạch - Tài chính Bộ KH&CN Lê Xuân Định cho biết, năm 2016, Chính phủ có Nghị định 54 về quy định cơ chế tự chủ của tổ chức KHCN công lập (thay thế cho Nghị định 115). Theo đó, Nghị định 54 có những điểm cách nhìn nhận khác Nghị định 115. Và Nghị định 54 theo Thông tư 01 và 90 của Bộ Tài chính xác định hình thức tự chủ của đơn vị. Tuy nhiên, trong quá trình thực tế triển khai, Bộ KH&CN cũng thấy những vấn đề không hẳn đã phù hợp với thực tiễn nên thời gian tới sẽ điều chỉnh.
Theo phân tích của Vụ trưởng Vụ Kế hoạch - Tài chính Bộ KH&CN Lê Xuân Định, trong quá trình triển khai cho thấy, với Nghị định 115 trước đây, các đơn vị có quyền quyết định cho người hưởng lương là không bị giới hạn. Nhưng theo Nghị định 54, quyền quyết định cho người hưởng lương sẽ bị giới hạn. Nên việc giữ được người tài, người giỏi ở các trung tâm cung cấp các dịch vụ KHCN: Các trung tâm của Tổng cục Tiêu chuẩn đo lường chất lượng là một khó khăn. Trong khi, thị trường hiện nay có các kỹ sư có tay nghề cao, uy tín lớn, các hãng sẵn sàng trả lương với mức cao hơn nhiều lần Bộ KH&CN để thu hút nhân lực.
Nhấn mạnh về khó khăn trong câu chuyện tự chủ tài chính, Vụ trưởng Vụ Kế hoạch - Tài chính Bộ KH&CN Lê Xuân Định cho rằng, khó khăn nhất của các đơn vị sự nghiệp để tiến đến tự chủ là hiện nay vẫn chưa thống nhất quan điểm nhận thức. Đó là giữa 2 quan điểm: Đơn vị nào càng phát triển, càng có nhiều nguồn thu thì Nhà nước không hỗ trợ nữa hay quan điểm ngược lại là đơn vị nào càng phát triển, càng tạo ra nhiều nguồn thu thì Nhà nước càng hỗ trợ để xây dựng các đơn vị mạnh. Đơn vị nào càng yếu, càng không có khả năng có nguồn thu thì càng không hỗ trợ nữa để tiến đến giải thể.
Hai quan điểm này vẫn còn phải tiếp tục được thống nhất, đồng nhất quan điểm.
Tuy nhiên, theo Vụ trưởng Vụ Kế hoạch - Tài chính Bộ KH&CN Lê Xuân Định, kinh nghiệm trên thế giới cho thấy, với các tổ chức sự nghiệp KHCN, đơn vị nào càng phát triển, Nhà nước càng hỗ trợ theo tỷ lệ nguồn thu các đơn vị KHCN tạo ra. Như vậy, mới giúp duy trì, hình thành các tổ chức KHCN công lập mạnh.
