Đây là dự án có tổng mức đầu tư giai đoạn 1 là 19.046 tỷ đồng nhằm đảm bảo hoàn trả chức năng của ga Hà Nội và Ga Giáp Bát đồng thời xây dựng ga khách và xí nghiệp toa xe khách của tàu quốc gia.
Đối với giai đoạn 1 của dự án, Phó Thủ tướng Trịnh Đình Dũng giao Bộ Giao thông Vận tải (GTVT) chủ trì, phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư và Bộ Tài chính nghiên cứu, đề xuất nguồn phù hợp báo cáo Thủ tướng xem xét, quyết định.Đối với giai đoạn 2A và 2B của dự án, Bộ GTVT, trên cơ sở của tư vấn lập điều chỉnh dự án để tổng hợp, báo cáo Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo việc thẩm định và trình Chính phủ báo cáo Quốc hội cho phép điều chỉnh chủ trương đầu tư dự án.Trước đó, vào tháng 1/2018, Bộ GTVT đã có văn bản đề nghị Thủ tướng cân đối, bổ sung 1.410 tỷ đồng vốn đối ứng trong kế hoạch đầu tư trung hạn giai đoạn 2016 - 2020. Nguồn vốn này sẽ được sử dụng vào mục đích giải phóng mặt bằng và tiếp tục triển khai các bước tiếp theo để đáp ứng tiến độ hoàn thành dự án giai đoạn 1 vào năm 2024. Cũng trong văn bản gửi Thủ tướng Chính phủ, Bộ GTVT đề nghị Thủ tướng giao Bộ trưởng Bộ GTVT thừa ủy quyền của Thủ tướng báo cáo Quốc hội về Dự án giai đoạn 1 vào kỳ họp cuối năm 2018.