Theo đó, cơ quan thanh tra sẽ ra quyết định thanh tra thuế nếu có đơn thư khiếu nại, tố cáo hoặc có thông tin từ các phương tiện thông tin đại chúng về hành vi sai phạm của người nộp thuế. Hiện có 14 căn cứ để tiến hành thanh tra như: Nộp thiếu thuế, gian lận, trốn thuế, lợi dụng ưu đãi miễn, giảm thuế; Khai nhiều hơn so với thực tế hàng hóa xuất khẩu về chủng loại, số lượng;...