Trong đó, vấn đề đặt ra là cần có sự phân biệt phí, lệ phí với giá các dịch vụ. Về danh mục phí, lệ phí, Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính ngân sách của Quốc hội Phùng Quốc Hiển cho biết: "Đối với viện phí, học phí, Thường trực Ủy ban nhất trí chuyển học phí, viện phí ra khỏi phạm vi điều chỉnh của Luật phí và lệ phí và thực hiện theo cơ chế giá, các quy định này đã được thể hiện tại Luật khám bệnh, chữa bệnh và Luật Giá. Theo quy định này, viện phí và học phí sẽ thuộc nhóm các hoạt động dịch vụ do Nhà nước định giá. Đồng thời, nhất trí việc chuyển thuế môn bài vào thành khoản lệ phí... Ủy ban cũng đề nghị Chính phủ cần tiếp tục nghiên cứu, rà soát bãi bỏ một số khoản phí, lệ phí mà có mức thu thấp, chi phí hành thu cao (như lệ phí hải quan...) nhằm góp phần cải cách thủ tục hành chính, giảm chi phí hành thu; một số khoản phí không phù hợp, có thể gây bức xúc cho người dân (như phí sử dụng lề đường, lòng đường, hè phố...). Trong quy định quản lý phí, lệ phí, Pháp lệnh hiện hành quy định cơ quan nhà nước thu phí được để lại một phần phí, lệ phí để trang trải chi phí thu nhưng không quy định cụ thể, dẫn đến khó khăn cho công tác kiểm soát, hạch toán thu – chi ngân sách nhà nước. Dự Luật đưa ra những quy định cụ thể như số thu từ lệ phí nộp toàn bộ (100%) vào ngân sách nhà nước và ngân sách nhà nước đảm bảo kinh phí cho việc tổ chức thu lệ phí. Đối với khoản phí, cơ quan thu phí được để lại một phần tiền để trang trải chi phí cung cấp dịch vụ, thu phí; phần còn lại nộp ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật. Tán đồng với quy định này, tuy nhiên, Chủ nhiệm Phùng Quốc Hiển đề nghị không quy định số để lại theo tỷ lệ (%), mà căn cứ vào tính chất của từng loại phí trên cơ sở xác định chi phí tổ chức thu phí để xác định số để lại cho phù hợp. Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật của Quốc hội Phan Trung Lý cũng đề nghị: Cần có quy định cụ thể để toàn bộ các khoản thu chi ngân sách phải được tính toán đầy đủ vào ngân sách nhà nước, sau đó nếu cần thiết, cấp lại thì cơ quan thẩm quyền quyết định. Dự kiến Luật phí và lệ phí sẽ được Quốc hội thông qua tháng 10/2015 và có hiệu lực kể từ ngày 1/1/2017.