Hầu hết các đơn vị đều có ý thức chấp hành nộp hồ sơ xin cấp phép theo quy định. Trong đó có 9 giấy phép khai thác nước dưới đất, 2 giấy phép thăm dò nước dưới đất và 52 giấy phép xả nước thải vào nguồn nước.
Để tiếp tục quản lý có hiệu quả tài nguyên nước, Sở TN&MT Hà Nội đang triển khai một số dự án trọng điểm như: Dự án điều tra, đánh giá, khoanh định vùng cấm, vùng hạn chế và vùng cho phép khai thác sử dụng nước trên địa bàn; điều tra, khảo sát, lập bổ sung hồ sơ các điểm xả chính vào nguồn nước; đánh giá trữ lượng phục vụ cấp phép thăm dò, khai thác nước dưới đất…