Trong kế hoạch thực hiện nhiệm vụ năm 2012, cần xác định rõ nhiệm vụ trọng tâm, trọng điểm, lấy năm 2012 làm mốc đánh dấu sự chuyển biến mạnh mẽ về công tác quản lý Nhà nước về lĩnh vực biển và hải đảo. Từ đó, tiến hành rà soát lại Nghị định 25 của Chính phủ về quản lý tổng hợp, thống nhất Biển và Hải đảo Việt Nam. Thứ nhất, xây dựng văn bản hướng dẫn cần tập trung vào công tác quy hoạch tổng hợp đới bờ và triển khai đồng loạt ở tất cả các địa phương có biển. Thứ hai, xây dựng văn bản về vấn đề quản lý Nhà nước trong việc kiểm soát tài nguyên môi trường biển, quản lý khai thác biển. Để làm được điều này, Tổng cục cần tiếp tục sắp xếp lại tổ chức, xây dựng đội ngũ cán bộ có đủ chuyên môn, nghiệp vụ đảm bảo thực hiện tốt yêu cầu công việc đề ra.