Theo đó, Ban chỉ đạo có trách nhiệm tổ chức, hướng dẫn việc thực hiện nhiệm vụ của Đề án tổng thể bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ, sông Đáy. Hướng dẫn việc thực hiện các dự án, chương trình, kế hoạch hành động trong năm kế hoạch và những năm tiếp theo thuộc Đề án theo nguyên tắc phối hợp giữa các sở, ngành và các quận, huyện, thị xã trên lưu vực hai con sông này. Thực hiện kiểm tra, đánh giá việc thực hiện các chương trình, kế hoạch và kiến nghị sửa đổi, bổ sung các nội dung của Đề án nếu chưa phù hợp.
