Mới đây, Tổng Cục Thuế đã ban hành văn bản yêu cầu cục thuế các địa phương làm việc với Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Công Thương nhằm rà soát, xác định các thương hiệu bán lẻ trên địa bàn, đồng thời xác định chủ sở hữu. Từ đó, các cục thuế phân tích, đánh giá rủi ro về thuế để lựa chọn, bổ sung vào kế hoạch thanh tra của cơ quan thuế.
Cụ thể, trong thời gian tới, cơ quan thuế sẽ thực hiện thanh tra một số nội dung như thuế thu nhập DN, thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân và thuế nhà thầu liên quan đến các DN bán lẻ trong thời kỳ 5 năm (2012 - 2016). Bên cạnh đó, những năm chưa được thanh, kiểm tra thuế sẽ được thực hiện thanh tra.Đáng chú ý, Tổng cục Thuế lưu ý một số nội dung thanh kiểm tra như việc sử dụng thương hiệu dưới hình thức nhượng quyền thương mại hoặc chuyển quyền sở hữu nhưng chưa đăng ký với cơ quan quản lý, chưa kê khai nộp thuế chuyển nhượng vốn giữa các chủ sở hữu theo quy định. Đồng thời, phải rà soát lại chi phí dịch vụ mà các DN trên trả cho các công ty mẹ ở nước ngoài nhưng không chứng minh được dịch vụ tư vấn đã được thực hiện, hoặc dịch vụ không phục vụ cho sản xuất của DN Việt Nam.Ở thời điểm hiện tại, trên thị trường bán lẻ Việt Nam đang có sự góp mặt của khá nhiều thương hiệu đa quốc gia. Có thể kể đến như BigC, Nguyễn Kim, MM Mega Market, Circle K Việt Nam...Trong 2 năm trở lại đây, Tổng cục Thuế đã tiến hành thanh tra nhiều hệ thống siêu thị lớn và số tiền truy thu được rất lớn. Cụ thể, năm 2015, số tiền truy thu từ Metro Việt Nam lên đến 507 tỷ đồng tiền phạt sai phạm và 1.911 tỷ đồng thuế thu nhập DN sau khi chuyển nhượng cho nhà đầu tư Thái Lan. Sang năm 2016, sau đợt kiểm tra hệ thống siêu thị Big C Việt Nam, cơ quan thuế đã truy thu số tiền lên đến 3.600 tỷ đồng.