Ban Chỉ đạo liên ngành Trung ương về vệ sinh ATTP có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ về những chủ trương, cơ chế, chính sách, giải pháp trong quản lý nhà nước về vệ sinh ATTP.
Bên cạnh đó, Ban Chỉ đạo giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, phối hợp hoạt động giữa các Bộ, ngành, các địa phương và các cơ quan, tổ chức có liên quan trong việc xử lý những vấn đề liên ngành về vệ sinh ATTP.
Trường hợp công tác vệ sinh ATTP có những diễn biến phức tạp, ảnh hưởng đến sức khỏe nhân dân trên diện rộng, Ban Chỉ đạo cần kịp thời kiến nghị Thủ tướng Chính phủ biện pháp xử lý.