Để đảm bảo tính minh bạch và phòng chống tiêu cực, chống thất thu, tránh gian lận trong hoạt động thu phí. Tổng cục Đường bộ Việt Nam (ĐBVN) mới có báo cáo và đề xuất với Bộ GTVT cho phép Tổng cục ĐBVN chủ trì, mời Cục An ninh kinh tế - Bộ Công an, Tổng cục Thuế - Bộ Tài chính, Cục thuế các địa phương tham gia Đoàn kiểm tra, giám sát hoạt động thu phí đối với các Trạm thu phí BOT.
Thực hiện chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ GTVT về công tác quản lý nhà nước trong việc kiểm tra, giám sát hoạt động thu phí đối với các Trạm thu phí BOT, đến nay Tổng cục ĐBVN đã và đang triển khai thực hiện kiểm tra, giám sát 9 Trạm thu phí, trong đó đã báo cáo kết quả về Bộ GTVT 8/9 trạm. Còn 1 trạm thu phí BOT trên Quốc lộ 51 thuộc địa bàn tỉnh Đồng Nai đang kiểm tra, giám sát.
Trước đó, Bộ GTVT cũng đã có đề nghị Bộ Công an hỗ trợ điều tra về hiện tượng tiêu cực trong công tác thu phí tại các trạm thu phí BOT trên cả nước. Lý do của đề xuất này là do doanh thu tại các trạm thu phí BOT phụ thuộc rất nhiều yếu tố, trong khi Bộ GTVT không có đủ chức năng và thẩm quyền để điều tra làm rõ việc có hay không hiện tượng thất thoát doanh thu thu phí.