Báo cáo của Bộ NN&PTNT cho thấy, đến hết năm 2016, cả nước có 19 liên hiệp HTX nông nghiệp, 10.756 HTX nông nghiệp, tập trung chủ yếu ở vùng Đồng bằng sông Hồng (31%), Bắc Trung Bộ (21,1%), Đông Bắc Bộ (16,9%). Số lượng HTX nông nghiệp thành lập mới năm 2016 là 1.100 HTX,; tuy nhiên số HTX giải thể, sáp nhập nhiều (1.285 HTX) nên giảm đi 185 HTX so với năm 2015.
Đến nay, có 8.375 HTX đã chuyển đổi theo Luật HTX 2012, chiếm 77,9%. Chất lượng hoạt động của các HTX bắt đầu được chuyển biến mạnh, số HTX hoạt động có hiệu quả đạt trên 30%. Doanh thu bình quân 1,1 tỷ đồng/HTX, lợi nhuận bình quân khoảng 200 triệu/HTX, thu nhập của thành viên và người lao động là 1,5 triệu đồng/tháng. Trong đó có nhiều liên hiệp HTX, HTX nông nghiệp hoạt động có hiệu quả, doanh thu đạt trên 10 tỷ/năm, như: HTX Dịch vụ nông nghiệp tổng hợp Anh Đào (tỉnh Lâm Đồng), HTX Nông nghiệp sản xuất thương mại và dịch vụ Phước An (TP Hồ Chí Minh), HTX Thanh Long Tầm Vu (tỉnh Long An), HTX Nông nghiệp Evergrowth (tỉnh Sóc Trăng), HTX Chăn nuôi Quý Hiền (tỉnh Lào Cai)...Bộ NN&PTNT đặt mục tiêu thành lập mới trên 1.300 HTX/năm để hoàn thành đề án 15.000 HTX hoạt động có hiệu quả theo Nghị quyết của Quốc hội. Đồng thời trong năm 2017, hoàn thành việc chuyển đổi các HTX, nâng số HTX hoạt động hiệu quả lên 45% và tăng thêm 100 chuỗi liên kết có sự tham gia của HTX. Đối với HTX nông nghiệp, Bộ NN&PTNT định hướng, nếu số lượng HTX của tỉnh ít hơn 50 thì tăng thêm 25 HTX/năm, từ 50 - 150 HTX thì tăng thêm 20 HTX/năm, trên 150 HTX thì tăng thêm 15 HTX/năm. Riêng các tỉnh vùng Đông Bắc và Tây Bắc tăng thêm bình quân 15 HTX/năm.