Trước đó, ngày 23/9, Cục Lãnh sự Bộ Ngoại giao nhận được thông tin lực lượng Cảnh sát Biển Philippines đã bắn vào tàu cá của tỉnh Phú Yên mang số hiệu PY 96173 TS làm chết 2 ngư dân và bắt giữ một số ngư dân khác.
Ngay sau khi nhận được thông tin, Bộ Ngoại giao Việt Nam đã chỉ đạo Đại sứ quán Việt Nam tại Philippines liên hệ ngay với các cơ quan chức năng của Philippines (Bộ Ngoại giao, Bộ Quốc phòng) xác minh thông tin và tiến hành các biện pháp bảo hộ công dân cần thiết.
Sau đó, chiều ngày 24/9, Đại sứ quán Việt Nam tại Philippines đã cử đại diện đến thăm lãnh sự các ngư dân bị giam giữ, động viên tinh thần các ngư dân và tìm hiểu thêm một số thông tin liên quan đến vụ việc.
Liên quan đến vụ việc này, Bộ Ngoại giao Việt Nam đã chỉ đạo Đại sứ quán Việt Nam tại Philippines tiếp tục làm việc với các cơ quan chức năng Philippines phản đối hành vi sử dụng vũ lực đối với ngư dân dưới bất kỳ hình thức nào, đối xử nhân đạo với ngư dân Việt Nam hiện nay bị giam giữ và yêu cầu phía Philippines điều tra làm rõ vụ việc, sớm thông báo kết quả chính thức cho phía Việt Nam đồng thời có hình thức xử lý nghiêm nếu phát hiện ra những sai phạm của lực lượng chức năng Philippines.