Tổng khối lượng chất thải được xử lý mỗi tháng khoảng 100 tấn, bảo đảm vệ sinh môi trường. Trong số các bệnh viện T.Ư trên địa bàn, chỉ có 11 bệnh viện có hệ thống xử lý chất thải rắn; 20 bệnh viện đang sử dụng phương pháp thu gom tập trung. Các bệnh viện do TP quản lý, 14 bệnh viện có hệ thống xử lý chất thải rắn nhưng đã xuống cấp, thường xuyên phải sửa chữa; 27 bệnh viện và cơ sở y tế còn lại đang xử lý theo hình thức thu gom tập trung. Ngoài ra, ở TP còn 24 bệnh viện tư nhân cũng xử lý rác thải y tế theo hình thức thu gom tập trung.