Để ngăn nước thấm ra hầm tại vị trí các khe co giãn khi thi công, công trình đã sử dụng vải địa kỹ thuật chuyên dụng kết hợp với các ống dẫn nước nhỏ đặt tại khe co giãn để dẫn nước chảy xuống hệ thống cống. Hiện tượng nước thấm ra khe co giãn đã từng xảy ra vào tháng 10/2011 và đã được khắc phục có hiệu quả.
Tuy nhiên sau một thời gian đưa vào sử dụng, hầm Kim Liên lại có hiện tượng nước thấm qua khe co giãn, nhưng không còn là vấn đề đáng ngại vì quy trình và biện pháp xử lý đã có. Trong các ngày tới, MPMU sẽ phối hợp chặt chẽ với Sở GTVT Hà Nội và Công ty TNHH Nhà nước MTV công trình giao thông Hà Nội đánh giá lại toàn bộ hiện trạng, từ đó đưa ra các giải pháp khắc phục hợp lý.
Theo nhận định ban đầu, chỉ cần duy tu, bảo dưỡng theo đúng cách đã từng làm vào tháng 10/2011. Trong trường hợp phức tạp, sau khi có ý kiến của các cơ quan quản lý Nhà nước, Hội đồng nghiệm thu, nếu cần thiết, MPMU sẽ mời các chuyên gia của nhà thầu Taisei và Công ty tư vấn, kết cấu (JBSI) - Nhật Bản cùng vào cuộc để xử lý việc thấm nước.
