Đồng thời, Thủ tướng giao Bộ GTVT thông báo với Ngân hàng Thế giới. Bộ GTVT giao Công ty Bitexco tiếp tục thực hiện hoàn chỉnh, cập nhật báo cáo nghiên cứu khả thi theo nhiệm vụ được Thủ tướng Chính phủ giao trước đây.
Bên cạnh đó, Bộ GTVT phối hợp Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính tổ chức xác định chi phí chuẩn bị dự án và chi phí cơ hội cho Công ty Bitexco, đàm phán với Công ty Bitexco theo 2 phương án sau để báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định:Phương án 1 (Công ty Bitexco không tiếp tục tham gia đầu tư Dự án): Nhà nước sử dụng vốn trái phiếu Chính phủ bố trí cho Dự án để thanh toán chi phí chuẩn bị dự án và khoản chi phí cơ hội cho Công ty Bitexco ngay sau khi báo cáo nghiên cứu khả thi được phê duyệt.Phương án 2 (Công ty Bitexco tham gia đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư): Công ty Bitexco được hưởng ưu đãi theo quy định tại Nghị định số 30/2015/NĐ-CP của Chính phủ; kinh phí chuẩn bị dự án nằm trong chi phí đầu tư của Dự án và được thanh toán bằng nguồn vốn trái phiếu Chính phủ bố trí cho Dự án ngay sau khi có kết quả đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư.Chính phủ giao Bộ GTVT căn cứ quy mô từng dự án thành phần, tổ chức thẩm định và quyết định đầu tư theo trình tự, thủ tục quy định của pháp luật; đối với phần vốn đầu tư của Nhà nước tham gia thực hiện các dự án đầu tư theo hình thức PPP, Bộ GTVT báo cáo Thủ tướng Chính phủ quyết định trước khi phê duyệt Báo cáo nghiên cứu khả thi. Bộ GTVT chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành liên quan xây dựng và ban hành văn bản quy định quy trình quyết toán hợp đồng đối với nhà đầu tư. Bộ GTVT và Ngân hàng Nhà nước Việt Nam nghiên cứu, đề xuất phương án huy động vốn tín dụng cho dự án.Ngân hàng Nhà nước Việt Nam được giao ban hành văn bản hướng dẫn các điều kiện cụ thể để nhà đầu tư các dự án được tiếp cận, cung cấp vốn tín dụng, báo cáo Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ quyết định những vấn đề vượt thẩm quyền; đồng thời, phối hợp Bộ GTVT, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính nghiên cứu, đề xuất phương án huy động vốn tín dụng cho dự án. Bộ Kế hoạch và Đầu tư ban hành văn bản quy phạm pháp luật quy định cụ thể về xác định vốn lưu động trong tổng vốn đầu tư dự án. Bộ Tài chính ban hành văn bản quy phạm pháp luật quy định cụ thể về mức lợi nhuận trên phần vốn chủ sở hữu của nhà đầu tư; hướng dẫn thanh toán vốn Nhà nước tham gia thực hiện dự án PPP, quyết toán công trình dự án hoàn thành. Bộ Tài nguyên và Môi trường chỉ đạo thực hiện, rút ngắn thời gian thẩm định, phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường và khung chính sách bồi thường, hỗ trợ, tái định cư, đáp ứng tiến độ các Dự án. Chủ tịch UBND các tỉnh, thành phố có dự án đi qua chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện công tác giải phóng mặt bằng đáp ứng tiến độ các Dự án.