Theo đó, mặc dù đã thực hiện theo đúng các quy định của pháp luật, 3 DN này vẫn bị yêu cầu truy thu gần 30 tỷ đồng tiền thuế do quy định mới thiếu nhất quán.
Cụ thể, cuối năm 2016, DN có nhập khẩu mặt hàng đường tinh luyện theo hạn ngạch thuế quan do Bộ Công Thương cấp và đã nhập khẩu đường từ công ty Globalj Mind có trụ sở tại Singapore. Bên giao hàng được nhà cung cấp chỉ định là công ty CP Đường Biên Hòa, Công ty Thành Thành Công Tây Ninh có trụ sở tại Việt Nam. DN đã thực hiện đầy đủ thủ tục hải quan theo đúng quy định của pháp luật tại Chi cục Hải quan KCN Việt Nam- Singapore và Chi cục Hải quan quản lý hàng XNK ngoài KCN. Hồ sơ nhập khẩu có đầy đủ chứng nhận xuất xứ C/O form D được phát hành bởi cơ quan Nhà nước có thẩm quyền của Bộ Công Thương. Các tờ khai đã được Chi cục Hải quan KCN Việt Nam- Singapore và Chi cục Hải quan quản lý hàng XNK ngoài KCN chấp thuận thông qua đầy đủ các áp dụng thuế suất nhập khẩu ưu đãi đặc biệt (5%) theo biểu thuế suất áp dụng đối với hàng hóa nhập khẩu trong khối Asean.
Tuy nhiên, đến ngày 29/11/2017, các DN này nhận được thư mời của cơ quan Hải quan đến làm việc về nội dung truy thuế xuất nhập khẩu tại chỗ với số tiền ấn định của các 3 DN gần 30 tỷ chưa tính tiền chậm nộp. Cụ thể, Công ty TNHH Puratos Grand-Place Việt Nam 8.877 tỷ đồng chưa tính tiền chậm nộp, công ty TNHH AJE Việt Nam gần 900 triệu đồng chưa tính tiền chậm nộp và công ty TNHH Tân Hiệp Phát là 12,3 tỷ đồng chưa tính tiền chậm nộp. Việc ấn định thuế này được giải thích là thực hiện theo công văn 2668a/GSQL-GQ4 ngày 30/10/2017 của Cục Giám sát quản lý- Tổng cục Hải quan. Công văn này của Tổng cục Hải quan yêu cầu truy thu thuế nhập khẩu theo thuế suất nhập khẩu 40% theo các DN là thiếu nhất quán, gây thiệt hại cho DN và làm giảm sút lòng tin của các DN đối với chính sách điều hành của Chính phủ. Văn bản của các DN này cho biết, DN không đồng ý với việc ấn định truy thuê thuế vì họ có hạn ngạch thuế quan được cấp bởi Bộ Công thương và DN đã phải trả tiền sử dụng hạn ngạch này với số tiền không nhỏ, các lô hàng nhập khẩu tại chỗ đều có C/O form D theo quy định được chấp thuận C/O ưu đãi đặc biệt. DN cũng dẫn các quy định cho biết họ đã thực hiện đầy đủ và chính xác việc thực hiện các nghĩa vụ thuế theo quy định.
“Việc ấn định truy thu thêm số tiền thuế lớn theo thông báo của cơ quan hải quan là bất ngờ và bất thường, đặt DN vào thế khó, nguy cơ dừng hoạt động do sự bất an của các chủ đầu tư đối với việc áp dụng chính sách bất nhất của các cơ quan chức năng”- văn bản kiến nghị của 3 DN viết. Vì thế, 3 DN này kiến nghị các cơ quan xem xét hủy bỏ ngay việc thông báo ấn định truy thu thuế nhập khẩu của cơ quan hải quan đối với các lô hàng đường tinh luyện nhập khẩu tại chỗ với C/O form D mà DN đã thực hiện năm 2016 theo quy định của pháp luật.
Trước đó, Vinamilk và một số DN cũng có công văn khiếu nại gửi Chính phủ và các cơ quan chức năng về vấn đề này.
