Thông tư bao gồm 5 Chương, 15 Điều. Cụ thể: Chương I quy định về phạm vi điều chỉnh, đối tượng áp dụng và giải thích từ ngữ; Chương II quy định về chế độ Luồng Xanh, bao gồm các điều khoản vể tiêu chí xác định thương nhân Luồng Xanh và ưu tiên của chế độ Luồng Xanh; Chương III quy định về chế độ Luồng Đỏ, bao gồm tiêu chí xác định thương nhân áp dụng chế dộ Luồng Đỏ, tiêu chí xác định mặt hàng áp dụng chế độ Luồng Đỏ và yêu cầu đối với chế độ Luồng Đỏ; Chương IV quy định về tổ chức thực hiện, bao gồm việc triển khai phân luồng trong quy trình cấp C/O ưu đãi và nguyên tắc chuyển luồng; Chương V quy định về trách nhiệm của cơ quan tổ chức liên quan và điều khoản thi hành.
Theo đó, Luồng Xanh là chế độ ưu tiên trong quy trình cấp C/O ưu đãi, theo đó thương nhân được ưu tiên miễn, giảm, nộp chậm chứng từ, giảm thời gian cấp C/O và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa trong quá trình đề nghị cấp C/O. Đối với Luồng Xanh, thương nhân được miễn, giảm chứng từ trong hồ sơ đề nghị cấp C/O ưu đãi; miễn kiểm tra thực tế hàng hóa và cơ sở sản xuất trong quá trình đề nghị cấp C/O ưu đãi; rút ngắn thời gian xử lý hồ sơ cấp C/O; được phép gia hạn thời gian nộp chậm chứng từ trong vòng 45 ngày làm việc đối với các chứng từ được phép nộp chậm.
Luồng Đỏ là chế độ cần kiểm soát trong quy trình cấp C/O ưu đãi, theo đó thương nhân phải nộp chứng từ chứng minh xuất xứ hàng hóa đối với tất cả các lô hàng, có thể được yêu cầu kiểm tra thực tế hàng hóa trong quá trình đề nghị cấp C/O. Đối với Luồng Đỏ, thương nhân bắt buộc phải tuân thủ các quy định chặt chẽ về bộ hồ sơ C/O, thời gian xét duyệt và kiểm tra năng lực sản xuất.
Việc phân luồng trong quy trình cấp C/O ưu đãi thực hiện theo cơ chế tự động. Cục Xuất nhập khẩu (Bộ Công Thương) và cơ quan, tổ chức cấp C/O ưu đãi thông báo công khai các trường hợp áp dụng chế độ Luồng Xanh, Luồng Thông thường hoặc Luồng Đỏ tại Hệ thống quản lý và cấp chứng nhận xuất xứ điện tử (www.ecosys.gov.vn).
