Theo Ban soạn thảo, sau khi được Quốc hội cho ý kiến tại Kỳ họp thứ 3, nhiều nội dung của Dự Luật đã được chỉnh lý như làm rõ phạm vi điều chỉnh; quy định rõ các hình thức tố cáo, nhất là thông qua thư điện tử, fax, điện thoại; bổ sung quy định về thời hiệu tố cáo (5 năm kể từ ngày có hành vi vi phạm). Quy định về rút tố cáo cũng chặt chẽ hơn theo hướng có thể rút một phần hoặc toàn bộ nội dung tố cáo; trường hợp rút tố cáo mà xét thấy hành vi vi phạm pháp luật vẫn chưa được phát hiện và xử lý thì tố cáo vẫn được xem xét, giải quyết theo quy định pháp luật; quy định về điểm dừng trong giải quyết tố cáo; bảo vệ người tố cáo và người bị tố cáo.
Trong đó, về tố cáo nặc danh, theo Tờ trình của Chính phủ, không quy định việc xem xét giải quyết tố cáo nặc danh, mạo danh, không rõ họ tên, địa chỉ người tố cáo nhằm đề cao trách nhiệm của người tố cáo, cũng như hạn chế tình trạng tố cáo tràn lan, thiếu căn cứ; lợi dụng quyền tố cáo để bôi nhọ danh dự, nhân phẩm của người khác. Tuy nhiên, trong thực tiễn, có trường hợp do sợ bị trả thù, trù dập mà người tố cáo không nêu rõ họ tên, địa chỉ, nhưng trong đơn tố cáo có nội dung rõ ràng, cụ thể, gửi kèm nhiều bằng chứng chứng minh các hành vi vi phạm như băng hình, ghi âm, tài liệu… và các cơ quan Nhà nước không gặp khó khăn khi xác minh, kết luận. Để không bị bỏ sót, bỏ lọt hành vi vi phạm pháp luật, đề nghị quy định trong Dự Luật theo hướng: Trường hợp đơn tố cáo nặc danh, mạo danh, không rõ họ tên, địa chỉ của người tố cáo thì không thụ lý giải quyết. Trong trường hợp đơn tố cáo nặc danh, mạo danh nhưng nội dung, thông tin rõ về người vi phạm, hành vi vi phạm pháp luật, có tài liệu, bằng chứng cụ thể, có cơ sở thẩm tra, xác minh thì người tiếp nhận đơn tố cáo trình người đứng đầu cơ quan quản lý cùng cấp xem xét, quyết định để phục vụ cho công tác quản lý, kiểm tra, thanh tra.Riêng về việc mở rộng các hình thức tố cáo qua thư điện tử, fax, điện thoại, nhiều ý kiến tán thành và đề nghị bổ sung chủ thể có quyền tố cáo không chỉ bao gồm cá nhân mà còn cả tổ chức. Nhưng nhiều quan điểm cho rằng, nên cân nhắc quy định “không thụ lý đối với đơn nặc danh”. Bởi xuất phát từ thực tế, có ý kiến đặt câu hỏi, “nếu đơn nặc danh chuyển đến cơ quan, tổ chức nào đó mà họ tiếp nhận và thấy có tài liệu, chứng cứ xác đáng và làm văn bản chuyển đến cơ quan có thẩm quyền giải quyết thì đơn đó có được coi là nặc danh nữa không”. Do đó, không nên phủ nhận cứng nhắc đối với đơn nặc danh vì nó tồn tại như một tất yếu khách quan của khiếu nại tố cáo, việc giải quyết phải linh hoạt trên thực tế. Quan điểm của Ủy ban Pháp luật của Quốc hội cũng cho rằng, vấn đề căn bản, mấu chốt là xác định được nội dung tố cáo có căn cứ, chính xác, rõ địa chỉ, họ tên người tố cáo là điều kiện đủ để thụ lý giải quyết.Đồng thời, các ý kiến cũng đề nghị phải quy định “gửi đơn đến đúng cơ quan có thẩm quyền giải quyết tố cáo” là nghĩa vụ của người tố cáo, để tăng cường trách nhiệm của người tố cáo, hạn chế tình trạng gửi đơn tố cáo đến nhiều cơ quan. Đối với vấn đề thời hiệu tố cáo, nên kéo dài thời hiệu tố cáo từ 7 - 10 năm. Cùng với đó, quy định đối với những hành vi vi phạm vẫn đang tiếp diễn thì không áp dụng thời hiệu tố cáo để không bỏ lọt hành vi vi phạm, thậm chí có ý kiến đề nghị không nên quy định thời hiệu tố cáo trong Dự Luật.
