Cụ thể, theo Quyết định số 721/QĐ-BVHTTDL của Bộ VHTT&DL, thời gian khai quật từ ngày 25/3 đến 25/12, gồm 2 giai đoạn.
Giai đoạn I từ ngày 25/3 đến 31/7 (khai quật các hố H1, H2, H3); giai đoạn II từ ngày 1/8 đến 25/12 (khai quật hố H4). Diện tích khai quật là 990m2. Các vị trí khai quật tại khu vực Hậu Lâu, nền Điện Kính Thiên, vị trí Nhà Cục tác chiến.
Bộ VHTT&DL yêu cầu, trong thời gian khai quật, cơ quan được cấp giấy phép cần chú ý bảo vệ địa tầng của di tích; có trách nhiệm tuyên truyền cho Nhân dân về việc bảo vệ di sản văn hoá ở địa phương, không công bố kết luận chính thức khi chưa có sự thỏa thuận của cơ quan chủ quản và Cục Di sản văn hóa.
Những hiện vật thu thập được trong quá trình khai quật, Trung tâm Bảo tồn Di sản Thăng Long - Hà Nội phải có trách nhiệm giữ gìn, bảo quản và báo cáo Bộ trưởng Bộ VHTT&DL phương án bảo vệ và phát huy giá trị những hiện vật đó.
Sau khi kết thúc đợt khai quật, Trung tâm Bảo tồn Di sản Thăng Long - Hà Nội và Viện Khảo cổ học phải có báo cáo sơ bộ và đề xuất phương án quản lý, bảo vệ khu vực đã khai quật trong thời gian chậm nhất 1 một tháng và báo cáo khoa học trong thời gian chậm nhất 1 một năm, gửi về Bộ VHTT&DL. Trước khi công bố kết quả của đợt khai quật, cơ quan được cấp giấy phép trao đổi, thống nhất với Cục Di sản văn hóa.
