Theo đó, Ban Quản lý Khu Công nghệ cao Hòa Lạc (Ban Quản lý) là tổ chức trực thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với Khu Công nghệ cao Hòa Lạc theo quy định của pháp luật. Ban Quản lý (tổ chức tương đương Tổng cục) có tư cách pháp nhân, sử dụng con dấu hình Quốc huy, là đơn vị dự toán cấp 1, là đầu mối được giao chỉ tiêu kế hoạch hàng năm và được cấp kinh phí hoạt động từ ngân sách nhà nước, có trụ sở tại thành phố Hà Nội. Ban Quản lý có nhiệm vụ xây dựng, trình Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ để trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt hoặc ban hành quy hoạch, kế hoạch phát triển cũng như các cơ chế, chính sách ưu đãi đối với Khu Công nghệ cao. Ban Quản lý còn có nhiệm vụ quản lý quy hoạch và xây dựng; quản lý nguồn vốn và kế hoạch phát triển như: Thực hiện nhiệm vụ chủ đầu tư và chỉ đạo, tổ chức thực hiện các dự án đầu tư xây dựng bằng nguồn vốn ngân sách Nhà nước được giao quản lý theo quy định của pháp luật; tiếp nhận, quản lý và sử dụng vốn ODA để xây dựng hạ tầng kỹ thuật Khu Công nghệ cao...; tổ chức các hoạt động xúc tiến đầu tư, thương mại, quảng bá trong nước và nước ngoài để thu hút các nguồn lực đầu tư vào Khu Công nghệ cao; quản lý hoạt động của doanh nghiệp tại Khu Công nghệ cao... Về tổ chức và quản lý hoạt động ươm tạo công nghệ cao, doanh nghiệp công nghệ cao; quản lý và thúc đẩy hoạt động khoa học và công nghệ, Ban Quản lý sẽ quyết định các lĩnh vực công nghệ ươm tạo, đối tượng ươm tạo và hình thức ươm tạo; quyết định các hình thức hỗ trợ cho các tổ chức, cá nhân, nhóm nghiên cứu tham gia ươm tạo phù hợp với các chính sách ưu đãi, hỗ trợ của Nhà nước; hướng dẫn các tổ chức, cá nhân tham gia các chương trình hỗ trợ, hưởng các chính sách ưu đãi cho các hoạt động nghiên cứu phát triển, đổi mới, chuyển giao, ứng dụng và phát triển công nghệ cao, thương mại hóa sản phẩm tại Khu Công nghệ cao theo quy định của pháp luật... Cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý gồm 9 đơn vị: Văn phòng; Ban Kế hoạch - Tài chính; Ban Hỗ trợ đầu tư; Ban Quy hoạch, Xây dựng và Môi trường; Ban Khoa học và Công nghệ; Trung tâm Đào tạo; Trung tâm Ươm tạo Doanh nghiệp công nghệ cao; Trung tâm Dịch vụ tổng hợp; Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Phát triển Khu Công nghệ cao Hòa Lạc. Ban Quản lý có Trưởng ban và không quá 3 Phó Trưởng ban do Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ quyết định bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức, luân chuyển, điều động theo quy định của pháp luật.
