Sáng ngày 13/9, bão số 4 đã đi vào đất liền các tỉnh Quảng Nam – Quảng Ngãi, vị trí tâm bão áp thấp nhiệt đới vào khoảng 15,6 độ vĩ Bắc; 108,2 độ Kinh Đông và suy yếu thành áp thấp nhiệt đới. Do ảnh hưởng trực tiếp của bão nên tại thành phố Đà Nẵng và các tỉnh Quảng Nam từ đêm ngày 12/9 xuất hiện một đợt mưa lớn trên diện rộng. Lượng mưa phổ biến từ đêm ngày 11/9 đến sáng ngày 13/9 phổ biết từ 150mm – 300mm, như Đà Nẵng 160mm, Ái Nghĩa 126mm, cao nhất tại trạm Hoà Bắc trên 300mm. Mực nước trên các sông Đà Nẵng – Quảng Nam ở dưới báo động 1.
Tình hình mực nước tại các hồ chứa đến 7h ngày 13/9, hồ chứa Hoà Trung mực nước 31,50m, dưới tràn 9,6m. Hồ chứa Đồng Nghệ, mực nước 23,70m, dưới tràn 9,6m. Các hồ chứa nhỏ gồm có 3 hồ Tân An, Diêu Phong, Hóc Gối mực nước đều đã đầy hồ. Và 15 hồ nhỏ còn lại đạt 60-80% dung tích hồ. Trước tình hình phức tạp của cơn bão số 4 khi đi vào đất liền, Ban chỉ huy phòng chống thiên tai và Tìm kiếm cứu bạn thành phố đã ban hành 2 Công điện; ngày 12/9 , UBND thành phố Đà Nẵng đã đã ban hành công diện số 01/CĐ-UBND về công tác phòng, chống Áp thấp nhiệt đới gần bờ để chỉ đạo các ngành, địa phương triển khai các biện pháp phòng chống, ứng phó ATNĐ, bão số 4 và mưa lũ lớn, tập trung cho công tác thông tin, truyền thông về ATNĐ và cơn bão số 4; đảm bảo an toàn cho tàu thuyền trên biển và tại khu neo đậu; cho học sinh nghỉ học từ sáng ngày 13/9, triển khai sơ tán nhân dân tránh bão, lũ đang sống tại các khu vực không an toàn, vùng trũng, thấp vùng ven biển…
Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng thành phố đã thông báo cho tàu thuyền biết vị trí, hướng di chuyển và diễn biến của ATNĐ, kiểm đếm tàu thuyền trên biển. Đến 23h00 ngày 12/9, Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng thành phố thông báo tất cả các phương tiện của Đà Nẵng đã về nơi neo đậu, trú tránh bão an toàn. BCH Bộ đội Biên phòng thành phố đã tổ chức di chuyển tất cả các tàu du lịch trên sông Hàn về nơi neo đậu an toàn tại khu vực Đảo Xanh và sau lưng siêu thị MeTro. BCH phòng chống lụt bão đã cho sơ tán khoảng 239 hộ dân thuộc quạn Liên Chiểu, Cẩm Lệ và Thanh Khê.
Sở Giáo dục và Đào tạo đã thông báo cho học sinh nghỉ học sáng 13/9. Sau khi cơn bão số 4 đi vào đất liền và suy yếu thành ATNĐ, với những đánh giá bước đầu về thiệt hại tại thành phố Đà Nẵng không có thiệt hại về người. Ngập 145 hộ tại huyện Hoà Vang. Ngập cục bộ tại một số tuyến đường nội thị. Có 1 nhà bị tốc mái tại thôn 5 xã Hoà Ninh, Hoà Vang. Có 2 tàu và 1 tàu vận tải bị hỏng, mắc cạn. Diện tích lúa bị đổ, ngập là 42,5 ha. Có 3,5 tấn cá trê lai bị cuốn trôi. Sau khi cơn bão đi quan, toàn thành phố có 155 cây xanh bị ngã đổ. Theo đánh giá và ghi nhận của phóng viên thường cây xanh ở đô thị trồng khi cây đã lớn để nhanh có bóng mát nhưng hố đào không được sâu nên khi cây lớn, tán rộng gặp mưa lớn gió to sẽ làm cây dễ bị gãy đổ. Do đó, cần có biện pháp bảo vệ là nên trồng sâu, chắc chắn và chặt tỉa cành toàn bộ hệ thống cây xanh trên toàn thành phố khi mùa mưa bão đến.