Chương trình đặt ra mục tiêu khắc phục ô nhiễm, cải thiện môi trường đối với 47 làng nghề trên cả nước đang bị ô nhiễm môi trường đặc biệt nghiêm trọng. Đồng thời, xử lý 100 khu vực bị ô nhiễm môi trường do hóa chất bảo vệ thực vật tồn lưu và thực hiện các dự án thu gom, xử lý nước thải từ các đô thị loại 2 trở lên đang xả trực tiếp ra ba lưu vực sông Nhuệ - Đáy, sông Cầu và sông Đồng Nai.
Việc xử lý khắc phục ô nhiễm và cải thiện môi trường thực hiện theo phương thức hỗ trợ xây dựng hệ thống thu gom và xử lý chất thải tập trung; hỗ trợ chuyển đổi sang nghề sản xuất không gây ô nhiễm; xử lý ô nhiễm, cải thiện môi trường khu vực trong làng bị ô nhiễm sau khi đã di dời các công đoạn sản xuất gây ô nhiễm;....
