Theo Tổng cục Môi trường, Cục Kiểm soát hoạt động bảo vệ môi trường là đơn vị được thành lập từ năm 2014 trên cơ sở điều chuyển, sắp xếp lại tổ chức và con người từ Thanh tra Tổng cục Môi trường trước đây do có sự thay đổi trong quy định của Luật Thanh tra về tổ chức thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành. Căn cứ vào chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn,… ban hành năm 2014, cơ cấu tổ chức của Cục có Văn phòng và 04 phòng chuyên môn. Tổng số công chức và hợp đồng lao động của Cục là 25 người, trong đó có 03 lãnh đạo Cục, 13 lãnh đạo cấp Phòng, 06 chuyên viên và 03 hợp đồng lao động. Việc bố trí cán bộ là phù hợp với thực tế và quy định tại thời điểm đó. Trong quá trình sắp xếp tổ chức bộ máy của Cục Kiểm soát hoạt động bảo vệ môi trường, đã có một số cán bộ xin chuyển công tác.Tuy nhiên, hiện nay Chính phủ và Bộ TN&MT có chủ trương tổ chức tinh gọn bộ máy, tinh giản biên chế. Vì vậy, để hoạt động hiệu quả hơn, cùng với các đơn vị khác trong Bộ, Tổng cục Môi trường đã chủ động tiến hành tổ chức đánh giá toàn diện việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức của các đơn vị trực thuộc. Đồng thời, tiến hành xây dựng Đề án kiện toàn tổ chức bộ máy của Tổng cục Môi trường trình Bộ trưởng. Đề án đã được các Bộ, ngành góp ý, hiện đang được Bộ Nội vụ và Bộ Tư pháp thẩm định trước khi trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt. Theo đề án này, số đầu mối các Cục quản lý nhà nước trực thuộc Tổng cục Môi trường (trong đó có Cục Kiểm soát hoạt động bảo vệ môi trường) sẽ giảm từ 07 Cục xuống còn 04 Cục, chuyển đổi mô hình tổ chức của 03 Cục thành Vụ. Dự kiến, số lượng đầu mối cấp phòng sẽ giảm bớt 17 phòng, số lượng cán bộ lãnh đạo cấp phòng sẽ giảm 43 người.Việc sắp xếp, bố trí lại cán bộ lãnh đạo, quản lý của Cục Kiểm soát hoạt động bảo vệ môi trường nói riêng và Tổng cục Môi trường nói chung đang được chủ động thực hiện theo hướng tinh giản, gọn nhẹ và hoạt động hiệu quả hơn trong thời gian tới.
