Báo cáo mới đây của Bộ NN&PTNT cho thấy, nguồn chất thải vào môi trường từ trồng trọt và chăn nuôi đang có xu hướng gia tăng, trong khi việc kiểm soát chưa đạt hiệu quả cao. Trong đó, lo ngại nhất là chất thải từ chăn nuôi. Hiện cả nước có 16.700 trang trại chăn nuôi, tập trung chủ yếu ở Đồng bằng sông Hồng (45%) và Đông Nam bộ (13%) với tổng đàn gia súc 37,8 triệu con và trên 214 triệu con gia cầm. Theo tính toán của Vụ KHCN & MT (Bộ NN&PTNT), lượng phân thải của bò khoảng 10 - 15kg/con/ngày, trâu là 15 - 20kg/con/ngày, lợn là 2,5 - 3,5kg/con/ngày và gia cầm là 90gr/con/ngày. Như vậy, tính ra tổng khối lượng chất thải trong chăn nuôi của nước ta hiện vào hơn 73 triệu tấn/năm.
Nuôi trồng thủy sản cũng đang gặp phải vấn đề tương tự. Việc đẩy mạnh các biện pháp thâm canh, tăng năng suất tại các vùng nuôi tôm tập trung, trong đó chủ yếu là tôm sú đã làm gia tăng ô nhiễm nguồn nước. Cùng với đó, tình trạng sử dụng phân bón và thuốc BVTV trong trồng trọt một cách tràn lan, không có kiểm soát đã gây ô nhiễm môi trường đất, nước. Theo ước tính năm 2007, có khoảng 60 - 65% lượng phân đạm không được hấp thụ, tác động tiêu cực đến hệ sinh thái nông nghiệp như làm chai cứng đất, ô nhiễm nguồn nước và có thể gây đột biến gen một số loại cây trồng. Ông Triệu Văn Hùng, Vụ trưởng Vụ KHCN & MT cho biết: Tính đến nay, lượng thuốc BVTV ngoài danh mục được phép sử dụng, quá hạn sử dụng còn tồn đọng cần tiêu hủy là hơn 700kg (dạng rắn) và hơn 3.400 lít (dạng lỏng).
Ông Hùng cho biết thêm, kết quả điều tra năm 2006 cho thấy, khu vực nông thôn thải ra khoảng 10 triệu tấn/năm chất thải rắn sinh hoạt và đến năm 2010 tăng lên khoảng 13,5 triệu tấn/năm (tăng 3,5 triệu tấn). Số rác thải này cộng với lượng chất thải từ sản xuất nông nghiệp đã khiến cho tình trạng ô nhiễm môi trường ở khu vực nông thôn trở nên đáng lo ngại. Điều này cũng đang gây ra áp lực lớn cho việc hướng tới nền nông nghiệp hàng hóa, đảm bảo chất lượng và bền vững. Do đó, trong thời gian tới, các địa phương cần tuyên truyền cho người dân, tăng cường biện pháp phòng ngừa, tổ chức lại sản xuất để giảm thiểu họat động gây ô nhiễm môi trường. Đồng thời, tập trung nguồn lực để khắc phục các điểm nóng về ô nhiễm thuốc BVTV, chất thải trong chăn nuôi và nuôi trồng thủy sản…