Tổ điều phối là bộ phận giúp việc cho UBND TP, Chủ tịch UBND TP, thực hiện tốt vai trò thành viện Hội đồng vùng và Chủ tịch Hội đồng vùng luân phiên trong vùng Kinh tế trọng điểm, có nhiệm kỳ 2 năm. Tổ điều phối có nhiệm vụ và quyền hạn: Chỉ đạo các tổ chức, đơn vị thuộc Thành phố thực hiện các nhiệm vụ trong việc điều phối phát triển Vùng kinh tế trọng điểm; đề xuất, kiến nghị với Hội đồng vùng kịp thời giải quyết các vấn đề liên kết trong Vùng kinh tế trọng điểm; Tổng hợp các nội dung liên kết của Thành phố với các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong việc tổng hợp nhu cầu liên kết từ các doanh nghiệp, các khu công nghiệp và địa phương thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; Cung cấp thông tin liên quan tới chủ trương phát triển kinh tế - xã hội của địa phương, tác động của các chủ trương này đối với phát triển Vùng kinh tế trọng điểm; Theo dõi, đôn đốc và đề xuất giải pháp tháo gỡ các vấn đề điều phối thuộc thẩm quyền của Thành phố trong Vùng kinh tế trọng điểm; tổng hợp báo cáo Văn phòng Ban chỉ đạo, Hội đồng vùng, UBND, Chủ tịch UBND theo định kỳ 6 tháng, hàng năm về tình hình thực hiện nhiệm vụ điều phối phát triển Vùng kinh tế trọng điểm. Khi Chủ tịch UBND TP Hà Nội đảm nhận vai trò luân phiên Chủ tịch Hội đồng vùng; ngoài các nhiệm vụ, quyền hạn trên, Tổ điều phối có nhiệm vụ giúp Chủ tịch Hội đồng vùng chỉ đạo tổ chức thực hiện nhiệm vụ của Hội đồng vùng. Tổ điều phối do Giám đốc Sở KH&ĐT làm Tổ trưởng, Giám đốc Sở Công thương làm Tổ phó và 10 ủy viên. Kinh phí hoạt động của Tổ điều phối được tổng hợp trong dự toán ngân sách hàng năm của Thành phố; được quản lý, thanh quyết toán theo quy định của Luật ngân sách nhà nước và các văn bản pháp luật liên quan. Tổ điều phối được phép sử dụng tài khoản và bộ máy tài vụ của Sở KH&ĐT TP Hà Nội.