Ông Dũng khẳng định việc đầu tư không vì động cơ cá nhân, mà chỉ muốn mở rộng đầu tư, dịch vụ hàng hải, tạo công ăn việc làm cho cán bộ. Giải thích việc bỏ trốn, ông Dũng cho rằng vì trước đó có ký vào nhiều văn bản nên mới hốt hoảng hành động như vậy. Theo đại diện cơ quan công tố, Vinalines là một doanh nghiệp 100% vốn Nhà nước. Vì vậy toàn bộ tài sản, cơ sở vật chất, tiền vốn là tài sản của Nhà nước. Ông Dũng, với vai trò chủ tịch HĐQT của Vinalines phải là người chịu trách nhiệm cao nhất về vốn. Đại diện Viện Kiểm sát cho rằng toàn bộ tiến trình triển khai dự án nhà máy, mua ụ nổi... dẫn tới hậu quả ngày hôm nay là do từ HĐQT đến ban Tổng Giám đốc Vinalines làm sai quy định của Nhà nước. Đối với nhóm cán bộ Chi cục Hải quan Vân Phong, cơ quan công tố tiếp tục khẳng định, Huỳnh Hữu Đức, Lê Ngọc Triện, và Lê Văn Lừng không làm đúng chức trách. Việc khởi tố, truy tố, xét xử các bị cáo được Viện Kiểm sát khẳng định là có căn cứ, đúng pháp luật. Trong lời nói sau cùng, bị cáo Dũng đọc 4 câu thơ: "28 năm qua lại trở về/ Với người hàng hải nặng thề năm xưa/ Dưới cờ Đảng nguyện cùng đưa/ Con tàu hàng hải đến bờ vinh quang" và mong muốn có bài học cho chính mình để làm lại cuộc đời. Các bị cáo Mai Văn Phúc, Trần Hải Sơn và 7 người còn lại cũng mong muốn HĐXX xem xét tội danh, giảm án. Kết thúc phiên xử ngày thứ 3, chiều 14/12 chủ tọa Ngô Thị Ánh thông báo sẽ tuyên án với các bị cáo vào 14 giờ ngày 16/12.