Kết luận cho thấy việc Vườn quốc gia Ba Vì tổ chức liên kết kinh doanh du lịch sinh thái kết hợp với bảo vệ và phát triển rừng tại Vườn quốc gia Ba Vì là đúng thẩm quyền theo pháp luật. Vị trí, diện tích các khu vực Vườn quốc gia Ba Vì ký hợp đồng liên kết với các chủ đầu tư phù hợp với quy hoạch đã được duyệt.
Quá trình tôn tạo, xây dựng các cụm công trình nhà và các công trình cơ sở hạ tầng tại Cos 600 đều được thực hiện trên các nền phế tích cũ, không chặt phá cây rừng, không làm thay đổi hiện trạng rừng và đất rừng.
Tổng cục Lâm nghiệp cũng chỉ rõ, quá trình thực hiện, các đơn vị liên kết đã làm tốt nhiệm vụ bảo vệ và phát triển rừng trên diện tích liên kết như: Đã hỗ trợ bảo vệ được 260,7 ha rừng làm hành lang bảo vệ rừng và đất rừng liên kết du lịch sinh thái; ngăn chặn việc chăn thả trâu bò, hái cây thuốc; Quản lý bảo vệ rừng và phòng chống cháy rừng; Tạo cảnh quan đẹp, thu hút được nhiều lượng khách trong nước và khách quốc tế tham quan, nghỉ dưỡng góp phần nâng cao thu nhập, tạo nhiều việc làm cho lao động tại địa phương.
Toàn bộ kinh phí thu được từ các hợp đồng liên kết kinh doanh đã được Vườn quốc gia Ba Vì sử dụng, hạch toán, báo cáo tài chính theo đúng quy định. Điều này đã góp phần nâng cao thu nhập của đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức của đơn vị, tạo thêm công ăn việc làm, bổ sung kinh phí cho hoạt động quản lý bảo vệ rừng.
Kết luận cũng chỉ ra những tồn tại, thiếu sót trong việc ký kết hợp đồng liên kết giữ Vườn quốc gia Ba Vì với các đơn vị liên quan. Theo đó, việc ký các hợp đồng liên kết khi chưa có các Đề án được phê duyệt, thời gian hợp đồng liên kết 53 năm là chưa đúng với chỉ đạo của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Ngoài ra, một số nội dung trong hợp đồng thiếu chặt chẽ (giao rừng, đất lâm nghiệp và tài sản cho đơn vị liên kết); Việc quy định trong hợp đồng cho phép đơn vị liên kết được hưởng 10% tiền vé vào cửa là chưa đúng quy định hiện hành về quản lý tài chính.
Trách nhiệm dẫn tới những tồn tại thiếu sót trên được Tổng cục Lâm nghiệp chỉ rõ thuộc về Giám đốc và các cán bộ có liên quan của Vườn quốc gia Ba Vì ở thời điểm ký hợp đồng (tháng 8/2008).
Từ những tồn tại trên, Tổng cục Lâm nghiệp đề nghị kiểm điểm trách nhiệm của các cá nhân và tập thể có liên quan thuộc quyền quản lý của Vườn; Rà soát, điều chỉnh các hợp đồng liên kết kinh doanh dịch vụ du lịch sinh thái theo hướng cho thuê môi trường rừng. Thời gian thuê môi trường rừng tối đa là 30 năm. Sau đó, toàn bộ tài sản, công trình xây dựng thuộc sở hữu của Vườn quốc gia Ba Vì.
Tổng cục Lâm nghiệp cũng đề nghị tiếp tục đình chỉ hoạt động tôn tạo, xây dựng, kinh doanh du lịch sinh thái tại Cos 600, Cos 700, Cos 800 của Công ty CFTD đến khi Đề án thuê môi trường rừng và Dự án Đầu tư xây dựng khu du lịch sinh thái trong khu vực hành chính, dịch vụ - Vườn quốc gia Ba Vì được phê duyệt.