Nội dung thanh tra tập trung vào một số nội dung chủ yếu như việc tiếp nhận, chuyển giao quyền đại diện vốn nhà nước của SCIC; việc thực hiện quyền, nghĩa vụ của chủ sở hữu vốn nhà nước tại doanh nghiệp; việc đầu tư kinh doanh vốn; việc bán cổ phần vốn đầu tư của SCIC tại một số doanh nghiệp; việc quản lý, sử dụng Quỹ hỗ trợ, sắp xếp và phát triển doanh nghiệp; công tác quản lý tài chính, mua sắm, đầu tư xây dựng cơ bản. Kết luận thanh tra số 2105/KL-TTCP đã nêu rõ một số khuyết điểm, vi phạm việc chấp hành chính sách, pháp luật và thực hiện nhiệm vụ đối với SCIC.
Theo kết luận thanh tra, SCIC là doanh nghiệp nhà nước hoạt động theo mô hình công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên 100% vốn Nhà nước được giao thực hiện việc tiếp nhận quyền đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước tại các bộ, ngành, địa phương chuyển giao với số lượng lớn nhưng lại thực hiện một số nội dung công việc như một cấp quản lý nhà nước trong việc thẩm định, theo dõi, đôn đốc, kiểm tra các bộ, ngành, địa phương dẫn đến khó khăn trong quá trình tổ chức thực hiện.
Việc rà soát, xây dựng danh mục các doanh nghiệp nhà nước đủ điều kiện bàn giao, doanh nghiệp nhà nước thuộc đối tượng bàn giao nhưng chưa đủ điều kiện bàn giao cũng như lộ trình tiếp nhận theo từng bộ, ngành, địa phương của SCIC còn chưa đầy đủ, thiếu chính xác.
Hội đồng thành viên SCIC không có văn bản phê duyệt kế hoạch tiếp nhận doanh nghiệp hàng năm. SCIC tiếp nhận Tổng công ty cổ phần thương mại xây dựng (Vietracimex) mà không có Quyết định của Thủ tướng Chính phủ, không thuộc đối tượng chuyển giao theo quy định của pháp luật; tổng hợp, báo cáo việc đại diện vốn tại Tổng công ty cổ phần Bảo hiểm Việt Nam trên cơ sở nhận chuyển giao quyền đại diện chủ sở hữu từ Vinashin là không đúng quy định; theo dõi, tổng hợp báo cáo Thủ tướng Chính phủ và các cơ quan có thẩm quyền việc tiếp nhận Công ty cổ phần dịch vụ và đầu tư phát triển Việt Ninh từ tỉnh Ninh Thuận, sau đó đã bàn giao trả lại địa phương năm 2009 trong khi thực tế SCIC chưa tiếp nhận doanh nghiệp này.
Theo kết luận thanh tra, từ giai đoạn 2008 - 2013, SCIC đã chuyển giao lại quyền đại diện vốn nhà nước về Bộ, địa phương quản lý tổng số 30 doanh nghiệp nhưng chỉ có Công ty Cổ phần Jetstar Pacific Airlines là có văn bản của Thủ tướng Chính phủ. Đối với 29 doanh nghiệp còn lại đã bàn giao về địa phương, Thanh tra Chính phủ yêu cầu SCIC rà soát lại để thực hiện tiếp nhận theo quy định. Các trường hợp đã có văn bản thông báo ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng giao cho địa phương thực hiện quyền đại diện chủ sở hữu cần tập hợp báo cáo Thủ tướng về hình thức văn bản giao quyền đại diện chủ sở hữu doanh nghiệp. Đồng thời báo cáo xin ý kiến Thủ tướng Chính phủ xử lý đối với trường hợp tiếp nhận không đúng đối tượng đối với Vietracimex.
Về thực hiện quyền, nghĩa vụ của chủ sở hữu vốn nhà nước tại doanh nghiệp, Kết luận chỉ rõ, biên bản và hồ sơ chuyển giao quyền đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước đầu tư về SCIC tại một số doanh nghiệp còn thiếu văn bản ủy quyền, số liệu chuyển giao không phải tại thời điểm gần nhất của doanh nghiệp, tài liệu pháp lý kèm theo không có báo cáo quyết toán quý gần nhất thời điểm chuyển giao, thiếu biên bản bàn giao vốn, tài sản của doanh nghiệp nhà nước sang công ty cổ phần.
Về việc cử người đại diện vốn SCIC tại các doanh nghiệp, cơ quan thanh tra phát hiện nhiều vấn đề trong việc cử người đại diện vốn SCIC tại các doanh nghiệp. Cụ thể, việc SCIC ban hành Quy chế Người đại diện vốn theo hướng mở rộng độ tuổi dẫn đến sự khác biệt trong quy định đối với Người đại diện vốn nhà nước tại các doanh nghiệp trong việc cử người đại diện đã quá tuổi nghỉ hưu. Đến thời điểm 30/9/2015 còn có 21 người đại diện của SCIC quá tuổi nghỉ hưu. Việc ủy quyền người đại diện chủ sở hữu vốn của SCIC tại doanh nghiệp còn chưa thực hiện đầy đủ, có trường hợp từ khi tiếp nhận đến thời điểm kiểm tra SCIC không có văn bản ủy quyền, có trường hợp tiếp nhận được một thời gian dài mới ban hành văn bản ủy quyền người đại diện, có trường hợp đại hội cổ đông nhiệm kỳ sau 1 năm SCIC mới ban hành văn bản ủy quyền người đại diện tại doanh nghiệp. Người đại diện vốn của SCIC tại doanh nghiệp 2 năm liên tiếp không hoàn thành nhiệm vụ nhưng SCIC không xem xét để thực hiện việc chấm dứt ủy quyền.
Thanh tra Chính phủ nhấn mạnh, SCIC chưa thể hiện rõ hoạt động giám sát đối với doanh nghiệp, không có văn bản tổ chức kiểm tra, giám sát thực hiện các chỉ tiêu kinh tế kỹ thuật hay xử lý trách nhiệm theo đúng trình tự và thủ tục đối với Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Đầu tư Phát triển công nghiệp và vận tải.
Về trách nhiệm của người đại diện vốn SCIC tại doanh nghiệp, kết luận nhận định còn tình trạng người đại diện chưa thực hiện báo cáo đầy đủ, định kỳ theo quy định; phê duyệt đầu tư không báo cáo SCIC trước khi đưa ra xin ý kiến đại hội cổ đông. Việc đầu tư không có phương án đầu tư, không được thẩm định hiệu quả của phương án đầu tư, không xin ý kiến của SCIC trước khi tham gia ý kiến, biểu quyết tại cuộc họp hội đồng quản trị đối với việc đầu tư hoặc những nội dung quan trọng của doanh nghiệp theo quy định. Người đại diện vốn của SCIC tại doanh nghiệp chưa thực hiện đầy đủ quy định về nghĩa vụ trách nhiệm của người đại diện vốn trong việc đôn đốc, thu hồi nợ Quỹ Hỗ trợ sản xuất và Phát triển doanh nghiệp cũng như công nợ với SCIC.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị SCIC cần phải tăng cường công tác giám sát người đại diện, đồng thời tăng cường kiểm tra, giám sát hoạt động của người đại diện nhằm phát hiện các thiếu sót, yếu kém để có biện pháp ngăn chặn. Xem xét việc tách chức danh Chủ tịch Hội đồng quản trị với Giám đốc/Tổng giám đốc, việc bầu thành viên Hội đồng quản trị độc lập đối với công ty đại chúng theo quy định tại Thông tư 121/2012 của Bộ Tài chính.
