Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Bùi Quang Vinh làm Phó trưởng Ban Chỉ đạo. Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Văn Trung làm Ủy viên thường trực. Các ủy viên Ban Chỉ đạo gồm lãnh đạo các Bộ, ngành: Văn phòng Chính phủ; Bộ Tài chính; Bộ Nội vụ; Bộ Xây dựng; Bộ Tài nguyên và Môi trường; Bộ Công Thương; Bộ Khoa học và Công nghệ; Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội. Chức năng của Ban Chỉ đạo là giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, phối hợp giải quyết các vấn đề quan trọng, liên ngành liên quan tới hoạt động của các khu kinh tế, khu công nghiệp và các mô hình tương tự khác. Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để tháo gỡ khó khăn, vướng mắc trong hoạt động của các khu kinh tế, khu công nghiệp; hỗ trợ các dự án đầu tư lớn, quan trọng trong các khu kinh tế, khu công nghiệp trong giai đoạn chuẩn bị đầu tư và sản xuất kinh doanh. Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, đôn đốc, điều hòa, phối hợp giữa các Bộ, ngành, địa phương trong việc giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành liên quan đến công tác quản lý nhà nước hoạt động của các khu kinh tế ven biển, khu kinh tế cửa khẩu, khu công nghiệp...