Tuy nhiên, thành tích đó không phản ánh đầy đủ và chân thực bức tranh CPH. Đặc biệt, kết quả kiểm toán năm 2016 cho thấy, việc xác định giá trị DN tại 8 DNNN vẫn còn nhiều lỗ hổng.
Được các tổ chức tư vấn định giá xác định theo phương pháp tài sản, kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị điều chỉnh tăng thêm vốn Nhà nước tại 8 DN trên là hơn 8.454 tỷ đồng. Trong đó có những DN lớn mức chênh lên đến cả nghìn tỷ đồng như trường hợp của Công ty TNHH Lọc hóa dầu Bình Sơn (mức chênh giữa báo cáo của DN với con số thực tế sau khi kiểm toán hơn 4,5 nghìn tỷ đồng), DN ít cũng là cả chục tỷ đồng.
Thực tế, một trong những khâu quan trọng khi CPH DNNN là xác định giá trị DN. Tuy nhiên do hiện có nhiều yếu tố liên quan đến pháp lý, phương pháp định giá, xác định giá trị thương hiệu, lợi thế kinh doanh, tài sản vô hình, các khoản đầu tư tài chính, góp vốn bằng ngoại tệ, giá trị quyền sử dụng đất, trình độ nhân viên thẩm định,... nên ngay cả khi có không ít những quy định ban hành cũng vẫn còn nhiều khoảng trống làm thiệt hại ngân sách cả ngàn tỷ đồng. Điều này đặt ra yêu cầu trong thời gian tới phải có những biện pháp tính đúng, tính đủ tài sản hữu hình, vô hình vào giá trị DN, như việc tìm cách tính thương hiệu, lợi thế thương mại, phát minh sáng chế, cải tiến kỹ thuật, định giá đất đai,…Giải pháp cũng phải tính tới trường hợp DN sau CPH đề nghị chuyển mục đích sử dụng đất ngoài phương pháp định giá tài sản cần phải sử dụng thêm phương pháp dòng tiền chiết khấu để tính toán linh hoạt giá trị tài sản gắn liền với DN.
Mục tiêu của giải pháp CPH DNNN hướng tới đa sở hữu DN là xu hướng vận hành của thị trường hiện đại. Nhưng CPH không phải là tư nhân hóa, tài sản Nhà nước thành tài sản cá nhân một số ít người như đã diễn ra thời gian qua. Điều này đòi hỏi cần phải tiếp tục tăng cường hơn nữa tính minh bạch trong xây dựng, ban hành các kế hoạch của các DNNN khi tiến hành CPH. Trong giai đoạn 2017 - 2020, đối tượng CPH tiếp tục được mở rộng tới các tập đoàn kinh tế, tổng công ty Nhà nước lớn, tình hình tài chính phức tạp mang tính chất đặc thù. Xác định giá trị DN một cách chính xác là vấn đề hết sức quan trọng. Như vậy, càng đòi hỏi tiếp tục phải hoàn thiện cơ chế liên quan đến xác định giá trị DN cho phù hợp nhằm xử lý dứt điểm các tồn tại về tài chính trước khi xác định giá trị DN, tổ chức định giá sát với giá thị trường, chính xác, công khai, minh bạch nhằm hạn chế tối đa khả năng thất thoát vốn và tài sản Nhà nước.
