Theo đó, vào thời điểm trên đoàn tàu SE3 đi hướng Hà Nội - Hà Nam, khi di chuyển đến Km17+150 khu vực ga Thường Tín, TP Hà Nội thì bất ngờ một nam thanh niên chưa rõ danh tính điều khiển xe máy mang BKS: 18F5-3910 chở theo một người ngồi đằng sau đi từ Quốc lộ 1A băng qua đường sắt để rẽ vào cụm dân cư Bắc Vy.
Sự việc bất ngờ khiến đoàn tàu không kịp phanh, đã đâm thẳng vào chiếc xe máy khiến nam thanh niên điều khiển xe tử vong tại chỗ. Rất may người ngồi sau đã kịp thời nhảy ra khỏi xe nên may mắn thoát chết.
Vào thời điểm đoàn tàu sắp đi tới, khu vực xảy ra tai nạn đã có chuông đèn cảnh báo tàu đến, tuy nhiên do chủ quan, thanh niên này vẫn băng qua đường sắt. Vụ tai nạn khiến tàu khách phải dừng tại ga Thường Tín gây chậm tuyến hơn 24 phút.
Hiện nguyên nhân vụ việc đang được tiếp tục điều tra, làm rõ.