Theo quy định tại Thông tư, để được khấu trừ VAT đầu vào, DN phải đáp ứng 3 điều kiện: Có hóa đơn VAT hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp VAT khâu nhập khẩu; Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ 20 triệu đồng trở lên; Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng để chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán (tài khoản của bên mua và tài khoản của bên bán phải là tài khoản đã đăng ký hoặc thông báo với cơ quan thuế). Theo quy định mới, kể từ năm 2015, đã mở rộng trường hợp thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn VAT.