Phạm vi lập quy hoạch gồm toàn bộ diện tích theo địa giới hành chính huyện Phú Xuyên với diện tích khoảng 17.110,4ha. Quy mô dân số đến năm 2020 khoảng 215.000 người; năm 2030 khoảng 245.000 người. Về định hướng phát triển không gian, huyện Phú Xuyên được phân thành 3 vùng chức năng cơ bản: Vùng phát triển đô thị là vùng xây dựng thuộc đô thị vệ tinh, gồm có 2 thị trấn Phú Xuyên, Phú Minh và các xã Đại Thắng, Quang Trung, Sơn Hà, Phúc Tiến, Nam Triều, Nam Phong, Văn Nhân, Thụy Phú.... Vùng kiểm soát phát triển đô thị - hành lang xanh là một bộ phận của hành lang xanh Thủ đô.
Vùng kiểm soát đặc biệt: Là vùng khu vực ngoài đê chiếm một phần diện tích tự nhiên của các xã Thụy Phú, Hồng Thái, Khai Thái, Quang Lãng. Hệ thống đô thị của huyện bao gồm thị trấn Phú Xuyên, thị trấn Phú Minh và một phần đô thị vệ tinh Phú Xuyên. Trong đó, thị trấn Phú Xuyên có vai trò là trung tâm huyện lỵ. Thị trấn Phú Minh có vai trò là trung tâm dịch vụ công nghiệp và nông nghiệp công nghệ cao. Vùng nông nghiệp của huyện Phú Xuyên chủ yếu nằm trong hành lang xanh của Thủ đô Hà Nội. Quy hoạch xác định sẽ duy trì vùng trồng lúa, trồng màu, hoa, cây cảnh, vùng trồng cây ăn quả, nuôi trồng thủy sản... phát triển nông nghiệp công nghệ cao đáp ứng nhu cầu thị trường và sản xuất quy mô lớn.