Nguyên nhân đầu tiên được Ban Chỉ đạo T.Ư về Phòng, chống thiên tai chỉ ra trong báo cáo vừa được công bố có liên quan tới vị trí địa lý, địa hình, địa mạo của bản Sa Ná. Cụ thể, bản Sa Ná nằm ven suối Son bắt nguồn từ Lào. Điểm cao nhất của lưu vực được ghi nhận ở 1.722m, riêng tại bản Sa Ná là 1.600m. Cách thượng lưu bản Sa Ná 2,4km, suối Son bị thu hẹp với độ chênh lên tới 57m.
Bản Sa Ná có 74 hộ sống tập trung ven bờ suối, trong những ngôi nhà sàn cao hơn dòng suối từ 6 – 7m. Tuy nhiên, chỉ có 1 lối đi duy nhất (đường độc đạo) chạy dọc suối Son. Nhà văn hoá bản Sa Ná kết hợp nhà trú tránh mỗi khi có mưa lũ cũng chỉ cao hơn lòng suối 10m. Lưu vực lớn, độ dốc cao; lòng suối Son co hẹp rồi mở rộng ra là lý do khiến bản Sa Ná thường xuyên bị ngập mỗi khi mùa mưa tới.
Nguyên nhân thứ hai được chỉ ra là do công tác dự báo. Cụ thể, vào ngày 2/8, Trung tâm Dự báo khí tượng thuỷ văn Quốc gia nhận định lượng mưa cả đợt tại Thanh Hoá (do ảnh hưởng bão số 3) chỉ từ 200 – 400mm. Nhưng không dự báo cụ thể được tại huyện Quan Sơn (bao gồm cả bản Sa Ná). Tuy nhiên, thực tế lượng mưa từ 3h – 7h ngày 3/8 đã lên tới… trên 200mm; đột biến tăng trên 70,3mm/h.
Việc không dự báo được mưa thời đoạn ngắn, cường suất cao; đồng thời, không cảnh báo được mưa lũ thượng nguồn từ quốc gia khác (CHDCND Lào) là nguyên nhân thứ hai khiến công tác ứng phó mưa lũ tại bản Sa Ná gặp nhiều khó khăn, gây nên hậu quả nghiêm trọng về người và tài sản.
Nguyên nhân cuối cùng được cơ quan chức năng chỉ ra, đó là công tác chỉ đạo ứng phó có nhiều bất cập. Thực tế, toàn bộ dân trong bản Sa Ná đã được thông tin kịp thời nên khoảng 7h40’ ngày 3/8, đã di chuyển lên nhà văn hoá trú tránh. Tuy nhiên, sau đó gần 30 phút, người dân lại quay trở lại nhà. Hơn 8h cùng ngày, nước lũ đổ về đã cuốn trôi 22 nhà dân, làm sập đổ 11 ngôi nhà, nhà văn hoá và 2 trường học. Nghiêm trọng hơn là 10 người đã bị chết, mất tích.
