Rà soát số liệu tổng hợp vi phạm trong năm 2016, số vụ vi phạm được xử lý cũng đạt tỷ lệ rất thấp. Trong năm 2016, các đơn vị chức năng chỉ xử lý được 32/233 vụ vi phạm phát sinh, còn tồn đọng tới 201 vụ.
Các loại hình vi phạm chủ yếu vẫn là xây dựng công trình kiên cố trong phạm vi bảo vệ đê (đê tả Đáy - huyện Ứng Hòa, đê hữu Cầu, tả Cà lồ - huyện Sóc Sơn); đổ trộm phế thải, vật liệu xây dựng, lấn chiếm mái đê kinh doanh, buôn bán (xảy ra nhiều trên các tuyến đê thuộc các huyện Ba Vì, Đan Phượng, Hòa Đức), vi phạm về quản lý sử dụng đất đai ven bờ bãi sông (diễn ra phổ biến trên địa bàn các quận Tây Hồ, Ba Đình, Hoàn Kiếm, Long Biên). Đặc biệt, tình trạng xe quá tải chạy trên đê vẫn rất phổ biến tại các địa phương có nhiều bến bãi tập kết, trung chuyển vật liệu xây dựng, gây hư hỏng kết cấu đê, tiềm ẩn nhiều nguy cơ mất an toàn phòng chống thiên tai… Theo đánh giá của ông Đỗ Đức Thịnh - Chi cục trưởng Chi cục Đê điều & phòng, chống lụt bão (Sở NN&PTNT Hà Nội), nguyên nhân dẫn tới tình trạng vi phạm đê điều gia tăng là do tốc độ phát triển kinh tế - xã hội tại các khu vực ven đê, từ đó, dẫn tới nhu cầu về tập kết phế thải, vật liệu xây dựng tăng cao. Trong khi đó, việc tổ chức di dời các công trình dân sinh trong phạm vi bảo vệ đê theo quy định của Luật Đê điều chậm được thực hiện. Không chỉ vậy, việc nhiều năm gần đây không có báo động lũ cũng dẫn đến tư tưởng chủ quan ở một bộ phận chính quyền các cấp trong xử lý, giải tỏa vi phạm. Có nơi, việc xử lý vi phạm chỉ mang tính hình thức, không dứt điểm, vi phạm còn tái diễn nhiều. Công tác quản lý trật tự xây dựng tại một số địa phương còn lỏng lẻo, đôi lúc chưa hết trách nhiệm… dẫn tới tỷ lệ xử lý các vi phạm về đê điều thấp, số lượng vi phạm hiện tồn đọng còn nhiều.