Sau khi trụ hạng thành công tại V-League 2018, nhiều thông tin cho rằng CLB Sài Gòn sẽ chuyển về Cần Thơ thay thế đội bóng XSKT Cần Thơ vừa xuống hạng. Trước những thông tin mập mờ này, trên trang chủ của CLB Sài Gòn đã phủ nhận những thông tin này là không có cơ sở và đăng tải nội dung: “Lời đầu tiên CLB bóng đá Sài Gòn xin gửi lời cảm ơn đến sự quan tâm, ủng hộ của NHM, các CĐV, các phương tiện truyền thông, báo đài đã dành cho CLB bóng đá Sài Gòn trong suốt thời gian vừa qua.
Mùa giải 2018 đã kết thúc một cách kỳ diệu đối với các thành viên của Sài Gòn FC, đó là thành quả của hơn 200% sự nỗ lực từ tất cả các bộ phận thuộc Sài Gòn FC. Năm 2018 cũng đánh dấu những sự kiện quan trọng khi lần lượt các đại diện U11, U13, U15 Sài Gòn FC đã lọt vào VCK Toàn Quốc, điều đó đánh dấu một bước tiến mạnh mẽ trong việc khẳng định "Sài Gòn FC một đội bóng của người Sài Gòn”.
Tuy nhiên, trong những ngày gần đây một số tin tức báo đài đã đưa tin sai lệch về định hướng phát triển của Sài Gòn FC trong tương lai, điều này đã làm ảnh hưởng đến uy tín cũng như gây hoang mang đối với những người hâm mộ CLB bóng đá Sài Gòn.
Với trách nhiệm đối với bóng đá Việt Nam nói chung và TP Hồ Chí Minh nói riêng, CLB bóng đá Sài Gòn khẳng định sự tồn tại và phát triển lâu dài của đội bóng trên mảnh đất Sài thành này!”
Ở mùa giải vừa qua, dưới sự dẫn dắt của HLV Phan Văn Tài Em, Sài Gòn FC đã có sự chuyển biến mạnh mẽ và trụ hạng thành công với 31 điểm, xếp ở vị trí thứ 8.
