Cùng với việc thu phí, Bộ GTVT đã dừng hoàn toàn 17 trạm thu phí, còn 10 trạm nữa thời gian tới sẽ nghiên cứu, phối hợp với Bộ Tài chính triển khai công tác thu phí cho hợp lý. Bộ GTVT đang tính tới hai phương án, thứ nhất là kiến nghị với Bộ Tài chính và báo cáo Thủ tướng Chính phủ để sớm ngừng thu tại các trạm thu phí; thứ hai, nếu ngân sách Nhà nước không có khả năng trả, phải sử dụng tiền của Quỹ bảo trì đường bộ hoàn vốn lại cho doanh nghiệp.
Lãnh đạo Văn phòng Hội đồng Quỹ bảo trì đường bộ T.Ư khẳng định, trách nhiệm thu phí xe máy thuộc thẩm quyền của địa phương và Bộ Tài chính đã có văn bản hướng dẫn cụ thể. Quỹ bảo trì đường bộ thu đối với xe máy do địa phương thu và giữ lại 100% để bảo trì, duy tu sửa chữa đường bộ địa phương.
