Mục đích của đợt thanh tra là làm rõ số phôi giấy chứng nhận (GCN) đã nhận, số đã sử dụng và số thiếu hụt (ghi rõ số sêri); làm rõ nguyên nhân, trách nhiệm của tập thể, cá nhân làm mất phôi GCN và đánh giá hậu quả gây thiệt hại đến Nhà nước, tổ chức, cá nhân, đề xuất biện pháp xử lý, khắc phục báo cáo UBND TP trước ngày 30/9/2012. UBND TP giao Sở TNMT đôn đốc, hướng dẫn về chuyên môn nghiệp vụ khi có đề nghị của quận, huyện, thị xã; liên hệ với Bộ TNMT để được cấp số liệu phôi GCN đã cấp về TP Hà Nội (bao gồm cả tỉnh Hà Tây trước đây, Hà Nội cũ và huyện Mê Linh) và cung cấp số liệu cho các quận, huyện, thị xã phục vụ việc thanh tra.